计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 920|回复 Reply: 6
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 使用GMX模拟有机小分子在硅基底上沉积过程出现分子速度莫名减小的问题

[复制链接 Copy URL]

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

本帖最后由 Yaocy 于 2023-10-20 16:46 编辑

我在利用GROMACS模拟如下有机分子在硅基底上的沉积过程,模拟思路是利用bash脚本循环调用gmx进行模拟,并利用python随机插入新的分子(并赋予竖直向下的初速度)再模拟。但是在查看分子轨迹的时候发现前300步分子正常下降,但是300步左右分子突然停止下降,此时分子周围也没有其他的原子干扰,GMX也没有输出报错信息而是继续运行。

附件中是模拟使用的文件,拓扑文件是利用Sobtop生成的,使用GAFF力场。热浴使用velocity-rescale。请问各位老师这可能是什么原因造成的,谢谢。


HOST.png (4.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

被沉积的分子

被沉积的分子

tcoupl.png (11.75 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

热浴设置

热浴设置

vapor.zip

850.64 KB, 下载次数 Times of downloads: 29

模拟中使用的文件

1665

帖子

5

威望

4788

eV
积分
6553

Level 6 (一方通行)

喵星人

2#
发表于 Post on 2023-10-20 11:42:59 | 只看该作者 Only view this author
用了热浴么

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-20 15:32:06 | 只看该作者 Only view this author

老师好,tcoupl设置为了v-rescale,是因为它会重新缩放速度导致速度变化吗,谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-10-21 05:51:50 | 只看该作者 Only view this author
当前这种问题不适合用热浴,应当用NVE,否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-21 10:32:56 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-21 05:51
当前这种问题不适合用热浴,应当用NVE,否则碰撞速度都不可控。至少打下来的分子不应当被控温

好的,谢谢社长我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE,也就是不对已经沉积在基底上的分子进行控温,会不会出现温度越来越高的情况,因为不断有新的带初速度的分子加入这个体系,谢谢社长

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125155

管理员

公社社长

6#
发表于 Post on 2023-10-22 00:07:45 | 只看该作者 Only view this author
Yaocy 发表于 2023-10-21 10:32
好的,谢谢社长我昨天尝试将打下来的分子单独分组不控温看起来能正常运行了。
不过如果用NVE ...

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

39

帖子

0

威望

717

eV
积分
756

Level 4 (黑子)

7#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-23 12:19:08 | 只看该作者 Only view this author

好的,谢谢社长

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-24 13:07 , Processed in 0.252869 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list