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请教：GAFF力场中二面角项的问题

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nku_linz

发布时间: 2023-10-25 15:14

正文摘要:

本帖最后由 nku_linz 于 2023-10-25 15:16 编辑含硼原子的有机体系在生成.itp文件时缺失了几个二面角项，从文献中找到了相关参数，想把它们补充到.itp文件中时有几个困惑 1. 文献给出了Divider的值，该值在.i ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-10-28 03:41:17

nku_linz 发表于 2023-10-27 09:22
感谢社长的回答！还有个问题不知道我有没有理解对，文献给出的扭转势垒Vn是不是得除掉Divider值后才能填 ...

是

写正值。

你看一下gromacs自带的比如amber99sb.ff里的力场文件的信息就知道怎么回事

nku_linz 发表于 Post on 2023-10-27 09:22:50

sobereva 发表于 2023-10-26 08:37
2 n为负值时说明和下面的项叠加

3 等价

感谢社长的回答！还有个问题不知道我有没有理解对，文献给出的扭转势垒Vn是不是得除掉Divider值后才能填入.itp文件中的二面角项？func为9，查了Gromacs手册，此时函数好像没有divider这个项，而是Kd值。

此外，对于func为9的二面角项可对相同类型进行多次定义，最后起到累加的效果。那不管n是否为负值好像都能叠加？

sobereva 发表于 Post on 2023-10-26 08:37:32

2 n为负值时说明和下面的项叠加

3 等价

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