请教：GAFF力场中二面角项的问题

nku_linz · 发表于 Post on 2023-10-25 15:14:49

本帖最后由 nku_linz 于 2023-10-25 15:16 编辑

含硼原子的有机体系在生成.itp文件时缺失了几个二面角项，从文献中找到了相关参数，想把它们补充到.itp文件中时有几个困惑

1. 文献给出了Divider的值，该值在.itp文件里是不是不需要填入的？查阅了ABMER的手册，该值是把扭转项拆分为参与扭转的每对原子的单独贡献

2.为什么有的文献对同一个二面角有两组参数，是做了两次定义吗？应该以哪个为准？

3. X-os-ca-X 和 X-ca-os-X 这两项的参数是否是等价的？

参数来源的文献如下：
Kurt, B., & Temel, H. (2021). Development of AMBER parameters for molecular dynamics simulations of boron compounds containing aromatic structure. Chemical Physics Letters, 775, 138656.
Kurt, B., & Temel, H. (2020). Parameterization of boronates using VFFDT and paramfit for molecular dynamics simulation. Molecules, 25(9), 2196.

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-26 08:37:32

2 n为负值时说明和下面的项叠加

3 等价

nku_linz · 发表于 Post on 2023-10-27 09:22:50

sobereva 发表于 2023-10-26 08:37
2 n为负值时说明和下面的项叠加

3 等价

感谢社长的回答！还有个问题不知道我有没有理解对，文献给出的扭转势垒Vn是不是得除掉Divider值后才能填入.itp文件中的二面角项？func为9，查了Gromacs手册，此时函数好像没有divider这个项，而是Kd值。

此外，对于func为9的二面角项可对相同类型进行多次定义，最后起到累加的效果。那不管n是否为负值好像都能叠加？

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-28 03:41:17

nku_linz 发表于 2023-10-27 09:22
感谢社长的回答！还有个问题不知道我有没有理解对，文献给出的扭转势垒Vn是不是得除掉Divider值后才能填 ...

是

写正值。

你看一下gromacs自带的比如amber99sb.ff里的力场文件的信息就知道怎么回事

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