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gromacs模拟带电电极与电解质界面，怎么解决分子、离子与电极没有明显的作用？

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Wuwei

发布时间: 2023-10-30 15:31

正文摘要:

各位老师大家好，在论坛学习摸索gromacs的过程中自己在尝试模拟带电电极与含有有机溶剂电解质的界面。想先对一篇文章中的结果进行复现，但是在模拟过程中发现我自己产生的结果与文献中的有很大的差异，但是又不是很 ...

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somacule 发表于 Post on 2024-10-17 08:20:11

Wuwei 发表于 2023-10-31 14:15
感谢您的建议，我现在是刚开始学习使用gromacs，考虑过接下来也学习一下lammps。

目前是恰好找到了几 ...

您好，请问您现在还是使用这样的方法在进行模拟吗？有没有一些更好的解决方案啊

打豆豆的灰鸭 发表于 Post on 2024-1-3 20:41:54

本帖最后由打豆豆的灰鸭于 2024-1-3 20:45 编辑

Wuwei 发表于 2023-10-31 14:15
感谢您的建议，我现在是刚开始学习使用gromacs，考虑过接下来也学习一下lammps。

目前是恰好找到了几 .能不能加个正极，来平衡电荷呀

Wuwei 发表于 Post on 2023-10-31 14:15:27

本帖最后由 Wuwei 于 2023-10-31 16:33 编辑

moritaichi 发表于 2023-10-31 10:03
我说下我个人的理解，你用gromacs模拟，针对化学反应而言，是模拟到“开始反应前一刻”各个物种分布的一种 ...

感谢您的建议，我现在是刚开始学习使用gromacs，考虑过接下来也学习一下lammps。

目前是恰好找到了几篇有关于电极与电解质界面使用gromacs进行分子动力学模拟的文章，就想做一下初步尝试，练习一下。
在模拟过程中通过尝试在石墨烯的itp文件中的每个C原子给予 -0.02 C 的负电荷，来实现石墨烯与阴阳离子之间的静电作用。模拟体系静电荷不为零，运行过程中忽略了关于净电荷的warning。但是模拟结束后的离子、分子分布情况没有表现出特别明显的变化。

moritaichi 发表于 Post on 2023-10-31 10:03:48

我说下我个人的理解，你用gromacs模拟，针对化学反应而言，是模拟到“开始反应前一刻”各个物种分布的一种统计结果的平均，而且石墨实际上是有p电子的，而gmx模拟时C的电荷设置必然为0，这就很难有电场上的作用，指望那点范德华力那肯定是舍本逐末的. 所以依据你的课题项研究的问题，建议换用lammps的reaxff或者cp2k里的gfn1-xtb方法

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