各位老师大家好，在论坛学习摸索gromacs的过程中自己在尝试模拟带电电极与含有有机溶剂电解质的界面。想先对一篇文章中的结果进行复现，但是在模拟过程中发现我自己产生的结果与文献中的有很大的差异，但是又不是很清楚自己哪些参数设置出现了问题，所以想在此请教一下各位老师，还请各位老师不吝赐教。
体系内存在一层石墨烯（原子类型为ca，只有石墨烯中的碳用到ca），水，吡啶，硫酸锌的阴阳离子。使用packmol建模，建模时候阴阳离子是分别放入盒子内的。
文献中的信息及部分结果：
信息来源：10.1002/anie.202302302
我的结果(模拟的盒子比文献中给出的大一些，被我按照比例扩大了)：
模拟周期性使用的是pbc=xy，因为只有一个电极处于z=0 附近，pbc=xyz时候会有有分子处于z最大值处与电极之间存在一定相互作用。所以在模拟过程中考虑加过真空层，但是有过多的水分子进入真空层中。于是，上图结果是在使用wall的情况下对盒子的周期性进行限制。
wall = 2、 wall_type= cb cb(cb在top信息中与ca数值一致只是名字不同)，石墨烯层使用freeze进行冻结。力场使用的是GAFF力场，除了水分子使用的是spce.itp，石墨烯层使用的是的原子类型为ca之外，其余的分子、离子的itp信息均通过使用orca计算，然后通过 Multiwfn 和 Sobtop 来获取的。
itp文件如下：
spce.itp
(567 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 24)
py.itp
(7.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 30)
Zn.itp
(340 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 34)
SO4.itp
(2.16 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)
进行nvt模拟时候mdp文件使用的是：
nvtno.mdp
(2.63 KB, 下载次数 Times of downloads: 64)
还请各位老师能够在百忙之中解答我的疑问，提出我在使用gromacs过程中存在的问题，非常感谢！
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发表于 Post on 2023-10-30 15:31:26
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