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使用XTB进行动力学模拟出现分子片段漂移等问题

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好兄弟

发布时间: 2023-11-13 21:32

正文摘要:

各位老师您好！我近期在使用XTB对周期性体系进行动力学模拟，在期间我遇到了一些问题。我的初始结构使用的是MS通过不定型填充而来的，结构中部分分子跨越了晶胞的边界，如图所示：我想知道： 1、这个结果是否 ...

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sobereva 发表于 Post on 2023-11-13 21:58:34

甭管是否完全在晶胞内部，搞清楚什么叫PBC。在VMD里显示出周期镜像，只要看到相邻晶胞间没有原子不合理接触就可以用（前提是没别的硬伤）

搞清楚当前模拟是否考虑了周期性。CP2K是做周期性GFN1-xTB模拟的首选之一。CP2K跑的轨迹默认不考虑PBC方式记录，需要在VMD里用pbc wrap -all才能卷到晶胞里

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