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甭管是否完全在晶胞内部，搞清楚什么叫PBC。在VMD里显示出周期镜像，只要看到相邻晶胞间没有原子不合理接触就可以用（前提是没别的硬伤） 搞清楚当前模拟是否考虑了周期性。CP2K是做周期性GFN1-xTB模拟的首选之一。CP2K跑的轨迹默认不考虑PBC方式记录，需要在VMD里用pbc wrap -all才能卷到晶胞里 |
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