使用XTB进行动力学模拟出现分子片段漂移等问题

好兄弟

各位老师您好！我近期在使用XTB对周期性体系进行动力学模拟，在期间我遇到了一些问题。我的初始结构使用的是MS通过不定型填充而来的，结构中部分分子跨越了晶胞的边界，如图所示：

计算结束后，我用VMD查看轨迹时发现了部分分子出现了断键，还有些分子出现了严重的片段漂移。如下图所示：

我想知道：
1、这个结果是否是初始结构中的分子跨越晶胞边界所导致的？
2、如果不是晶胞边界的问题，那么这种漂移是由什么原因所导致？
3、如何使用MS将分子完全填充在晶胞内部？

sobereva

甭管是否完全在晶胞内部，搞清楚什么叫PBC。在VMD里显示出周期镜像，只要看到相邻晶胞间没有原子不合理接触就可以用（前提是没别的硬伤）

搞清楚当前模拟是否考虑了周期性。CP2K是做周期性GFN1-xTB模拟的首选之一。CP2K跑的轨迹默认不考虑PBC方式记录，需要在VMD里用pbc wrap -all才能卷到晶胞里