计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 量子化学 (Quantum Chemistry) › 我的课题是研究冰会抑制香豆素分子的光异构，请问老师们 ...

我的课题是研究冰会抑制香豆素分子的光异构，请问老师们我要怎么入手

查看数: 1330 | 评论数: 5 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

帖子模式

jiahui

发布时间: 2023-11-15 18:08

正文摘要:

本帖最后由 jiahui 于 2023-11-15 22:17 编辑目前实验上已经发现香豆素分子在冰表面不会发生光异构行为，且会有光二聚行为，在水溶液中有少部分有光二聚行为（分子结构如下）需要从理论模拟上阐述其原因目前已 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2023-11-18 00:06:22

jiahui 发表于 2023-11-17 20:17
老师，根据大家的建议我建了个模型（如图所示），目前主要还有两个问题
1.我应该如何用tinker把蓝色区域 ...

显然得用冰晶体的模型，哪能用液态水的结构

例如：

sobereva 发表于 Post on 2023-11-17 17:14:51

jiahui 发表于 2023-11-17 13:24
老师，模拟结冰环境是把QM区域外的水分子全都冻结住就可以吗？

不需要全部冻住，而且都冻住也不好，没法反映与当前分子接触的水的自发位置、朝向变化
如果你用簇模型，只需要冻结边缘的。和下文冻结边缘原子同理

18碳环（cyclo[18]carbon）与石墨烯的相互作用：基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615（http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html）
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540（http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html）
要善用簇模型，不要盲目用ONIOM算蛋白质-小分子相互作用问题
http://sobereva.com/597

jiahui 发表于 Post on 2023-11-17 13:24:39

sobereva 发表于 2023-11-17 03:04
可以用QM/MM

老师，模拟结冰环境是把QM区域外的水分子全都冻结住就可以吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-11-17 03:04:57

可以用QM/MM

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register