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利用辅助工具AuToFF生成OPLSAA/M力场下相关模型文件出错

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发布时间: 2023-11-29 10:56

正文摘要:

如题,在选择原子类型后,选择下一步,出现下图所示均为空白的情况,请问这是因为输入模型的原子数有限制吗?

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slxc920113 发表于 Post on 2023-11-29 17:39:23
本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-29 17:56 编辑
姜酱将 发表于 2023-11-29 14:24
换成MMFF94确实能算出来,但整体电荷为-1,可是一开始第一步不就已经设置了整体为中性吗

MMFF94的电荷和初始没有关系,它是根据拓扑关系判断的,大概率就是你上传的结构本来就存在阴离子基团,比如COO-,SO3-,你可以检查一下。
slxc920113 发表于 Post on 2023-11-29 12:22:58
算不得这么大体系的CM5电荷呗,换成MMFF94电荷或者CM1A-LBCC

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