利用辅助工具AuToFF生成OPLSAA/M力场下相关模型文件出错

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-11-29 10:56:59

如题,在选择原子类型后,选择下一步,出现下图所示均为空白的情况,请问这是因为输入模型的原子数有限制吗?

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-29 12:22:58

算不得这么大体系的CM5电荷呗，换成MMFF94电荷或者CM1A-LBCC

姜酱将 · 发表于 Post on 2023-11-29 14:24:38

slxc920113 发表于 2023-11-29 12:22
算不得这么大体系的CM5电荷呗，换成MMFF94电荷或者CM1A-LBCC

换成MMFF94确实能算出来，但整体电荷为-1，可是一开始第一步不就已经设置了整体为中性吗

slxc920113 · 发表于 Post on 2023-11-29 17:39:23

本帖最后由 slxc920113 于 2023-11-29 17:56 编辑

姜酱将发表于 2023-11-29 14:24
换成MMFF94确实能算出来，但整体电荷为-1，可是一开始第一步不就已经设置了整体为中性吗

MMFF94的电荷和初始没有关系，它是根据拓扑关系判断的，大概率就是你上传的结构本来就存在阴离子基团，比如COO-，SO3-，你可以检查一下。

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[其它程序] 利用辅助工具AuToFF生成OPLSAA/M力场下相关模型文件出错