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小分子插入构建好的细胞膜后，用sobtop生成相应的小分子itp，最小化的时候报错

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yangyuan

发布时间: 2023-12-1 09:03

正文摘要:

用CHARMM-GUI构建了细胞膜结构，然后用gmx insert-molecules插入了小分子，用sobtop生成了小分子对应的itp，也复制到了力场参数里面，但最小化的时候报错，怎么处理呢

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盐豆子 发表于 Post on 2023-12-14 15:14:54

您好！想问一下您后面是怎么解决的呀？我和您的情况一模一样。GAFF力场，跟CHARMM不兼容，是必须换膜力场或者小分子力场吗？

sobereva 发表于 Post on 2023-12-1 22:49:39

通常sobtop产生的小分子的拓扑文件对应的是GAFF力场，跟CHARMM根本不兼容
没必要用CHARMM和CHARMM-GUI。构造膜用下文的工具，结合Slipid、LIPID等完全兼容AMBER力场的膜力场，跟GAFF描述的小分子完全兼容
生成混合组分的磷脂双层膜结构文件的工具genmixmem
http://sobereva.com/245

casea 发表于 Post on 2023-12-1 10:08:14

老生常谈的问题，你这应该是atomtypes没定义这个原子，添加上就行
http://bbs.keinsci.com/thread-38840-1-1.html
http://bbs.keinsci.com/thread-21127-1-1.html

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