求助：修饰后DNA添加离子时报错

miaohaha

各位老师好，我有一条一侧修饰的DNA双链序列：chain 1: 5' C-C-A, chain 2: 5' G-bpy-C
加入的bpy的结构我也贴在了附件


因为将其中一个核酸的结构进行了改变，不能用正常的pdb2gmx得到拓扑文件，所以尝试了使用sobtop分别获得两条链的拓扑文件，再在后续将其中一条链的.gro与另一条链进行合并。但是在添加离子，grompp生成.tpr文件的时候一直报错：

Fatal error:
Syntax error - File aug_com.itp, line 3
Last line read:
'[ atomtypes ]'
Invalid order for directive atomtypes
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors



sobtop产生拓扑文件使用的是：“Assign GAFF atom types first and then UFF” - “Same as option 3, but missing ones are arbitrarily guessed”

合并的.top文件（aug_complex.top）和.gro文件（aug_complex.gro）我贴在了附件

想请教各位老师，这种合并方法是否可行？以及使用sobtop过程是否有误？初学gromacs，很多理解并不到位，先谢谢各位老师！

sobereva

老生常谈的问题



不应当用sobtop产生这种生物大分子的拓扑文件，而是应当修改rtp去创建非标准残基，然后用pdb2gmx。靠GAFF描述核酸远不如用专门的力场

miaohaha

sobereva 发表于 2023-7-28 02:58
老生常谈的问题

大概明白老师的意思了，非常感谢！我再去试一下