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gaussian用PM6D3优化含Ti分子筛簇模型大体系结构时出错

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发布时间: 2023-12-4 17:52

正文摘要:

一开始仅使用# opt=calcfc pm6d3 geom=connectivity进行优化,出现l103错误;通过查询相关帖子添加关键词opt=cartesian进行计算,出现l1错误;在通过查询相关帖子添加关键词opt=nomicro后再次出现l103错误,查询相关 ...

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JiangYD 发表于 Post on 2023-12-8 13:55:44
sobereva 发表于 2023-12-8 12:40
那叫博文和帖子


好的,谢谢sob老师
sobereva 发表于 Post on 2023-12-8 12:40:56
JiangYD 发表于 2023-12-8 11:01
sob老师,看了您赝势基组选用的推文,上面DFT计算推荐赝势基组上def2tzvp优于lanl2tz(f),请问能直接使 ...

那叫博文和帖子



“更”的对比对象不明
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-8 11:01:37
sobereva 发表于 2023-12-7 02:48
PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时,算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用

sob老师,看了您赝势基组选用的推文,上面DFT计算推荐赝势基组上def2tzvp优于lanl2tz(f),请问能直接使用PBE1PBE/def2tzvp:PM6D3进行计算吗?上面也说对于前三周期的元素不要使用赝势基组,那PBE1PBE/GENECP:PM6D3,Ti采用def2tzvp,C\H\O等原子采用6-311g(d,p),是不是更合理一些?
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-7 09:26:41
阿甘 发表于 2023-12-7 08:52
如果是这样,你的体系要么就不是电中性的,如果是电中性的那么Si和Ti就不全是(IV)。

好的,那我去算一下Ti和Si的氧化态是多少。
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-7 09:25:21
sobereva 发表于 2023-12-7 02:48
PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时,算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用

好的,谢谢sob老师
阿甘 发表于 Post on 2023-12-7 08:52:47
JiangYD 发表于 2023-12-6 14:17
预期的话Si和Ti都是常见的(IV)氧化态,边缘的Si-O-使用Si-H替代了,边缘的氧原子都没了,所以可能氧原 ...

如果是这样,你的体系要么就不是电中性的,如果是电中性的那么Si和Ti就不全是(IV)。
sobereva 发表于 Post on 2023-12-7 02:48:19
JiangYD 发表于 2023-12-6 14:25
我用UFF进行过整体计算,结构很离谱,所以才用半经验的方法算,B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法 ...

PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时,算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

JiangYD 发表于 Post on 2023-12-6 14:25:47

我用UFF进行过整体计算,结构很离谱,所以才用半经验的方法算,B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法,高层原子中Ti原子采用lanl2dz,其他原子采用6-31g(d,p),其他低层原子采用UFF方法。
sob老师,这个簇模型结构优化之后,会用于进行反应机理(反应路径、能垒、过渡态)的计算,会涉及含C、H、O等元素的有机物,您觉得采用B3LYP/GENECP:PM6D3方法,高层原子中Ti原子采用lanl2dz,其他原子采用6-311g(d,p),其他低层原子采用PM6D3方法,这样好一点;还是采用PBE:PM6D3的方法更好一点,或者您有更好的推荐?
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-6 14:17:01
阿甘 发表于 2023-12-6 00:24
试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少,跟你的预期对比看看便知。

预期的话Si和Ti都是常见的(IV)氧化态,边缘的Si-O-使用Si-H替代了,边缘的氧原子都没了,所以可能氧原子比较少。
sobereva 发表于 Post on 2023-12-6 07:30:46
JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UF ...

用UFF更荒唐
阿甘 发表于 Post on 2023-12-6 00:24:07
JiangYD 发表于 2023-12-5 13:37
我截取的层是照着文献截取的,请问这个簇模型的分子式有什么问题吗?

试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少,跟你的预期对比看看便知。
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-5 13:37:36
本帖最后由 JiangYD 于 2023-12-5 13:41 编辑
阿甘 发表于 2023-12-5 12:17
你的簇模型建对了吗?我用Multiwfn加载gjf,显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1,假如Si和Ti是常见的(IV)氧 ...

我截取的层是照着文献截取的,请问这个簇模型的分子式有什么问题吗?
阿甘 发表于 Post on 2023-12-5 12:17:12
JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UF ...

你的簇模型建对了吗?我用Multiwfn加载gjf,显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1,假如Si和Ti是常见的(IV)氧化态的话,是不是氧太少了?
JiangYD 发表于 Post on 2023-12-5 11:55:28
yuyangzap 发表于 2023-12-5 11:02
换DFT做,PM6不适合带金属的

这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UFF做比较好?

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