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[Gaussian/gview] gaussian用PM6D3优化含Ti分子筛簇模型大体系结构时出错

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一开始仅使用# opt=calcfc pm6d3 geom=connectivity进行优化,出现l103错误;通过查询相关帖子添加关键词opt=cartesian进行计算,出现l1错误;在通过查询相关帖子添加关键词opt=nomicro后再次出现l103错误,查询相关帖子,发现可能是软件bug,不是很确定,现上传输入文件和输出文件截图,请各位大佬解惑,看看我关键词有无错误,是不是gaussian软件问题,如何解决该问题?
输出文件太大,无法上传,现将最后截图上传:



ShuChuWenJian.png (70.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

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TS1-T10-PM6D3.gjf

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发表于 Post on 2023-12-5 01:51:34 | 只看该作者 Only view this author
没必要写nomicro

始终贴报错提示,别说l几几几错误,这是最基本Gaussian提问常识

你若用簇模型代替周期性计算,边缘原子必须冻结,否则很容易严重变形
参考下文的讨论
18碳环(cyclo[18]carbon)与石墨烯的相互作用:基于簇模型的研究一例
http://sobereva.com/615http://bbs.keinsci.com/thread-25306-1-1.html
使用量子化学程序基于簇模型计算金属表面吸附问题
http://sobereva.com/540http://bbs.keinsci.com/thread-16532-1-1.html

怎么设置笛卡尔坐标冻结,看
在Gaussian中做限制性优化的方法
http://sobereva.com/404http://bbs.keinsci.com/thread-9022-1-1.html

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 09:50:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-5 01:51
没必要写nomicro

始终贴报错提示,别说l几几几错误,这是最基本Gaussian提问常识

谢谢sob老师

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发表于 Post on 2023-12-5 11:02:10 | 只看该作者 Only view this author
换DFT做,PM6不适合带金属的

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 11:55:28 | 只看该作者 Only view this author
yuyangzap 发表于 2023-12-5 11:02
换DFT做,PM6不适合带金属的

这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UFF做比较好?

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发表于 Post on 2023-12-5 12:17:12 | 只看该作者 Only view this author
JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UF ...

你的簇模型建对了吗?我用Multiwfn加载gjf,显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1,假如Si和Ti是常见的(IV)氧化态的话,是不是氧太少了?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-5 13:37:36 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JiangYD 于 2023-12-5 13:41 编辑
阿甘 发表于 2023-12-5 12:17
你的簇模型建对了吗?我用Multiwfn加载gjf,显示Formula: H74 O251 Si143 Ti1,假如Si和Ti是常见的(IV)氧 ...

我截取的层是照着文献截取的,请问这个簇模型的分子式有什么问题吗?

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发表于 Post on 2023-12-6 00:24:07 | 只看该作者 Only view this author
JiangYD 发表于 2023-12-5 13:37
我截取的层是照着文献截取的,请问这个簇模型的分子式有什么问题吗?

试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少,跟你的预期对比看看便知。

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发表于 Post on 2023-12-6 07:30:46 | 只看该作者 Only view this author
JiangYD 发表于 2023-12-5 11:55
这个只是初步的整体优化,后续的话还会采用B3LYP/GENECP:UFF再做限制性优化的。
还是说需要采用PBE:UF ...

用UFF更荒唐
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 14:17:01 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2023-12-6 00:24
试试算算看现在的Si和Ti的氧化态是多少,跟你的预期对比看看便知。

预期的话Si和Ti都是常见的(IV)氧化态,边缘的Si-O-使用Si-H替代了,边缘的氧原子都没了,所以可能氧原子比较少。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-6 14:25:47 | 只看该作者 Only view this author

我用UFF进行过整体计算,结构很离谱,所以才用半经验的方法算,B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法,高层原子中Ti原子采用lanl2dz,其他原子采用6-31g(d,p),其他低层原子采用UFF方法。
sob老师,这个簇模型结构优化之后,会用于进行反应机理(反应路径、能垒、过渡态)的计算,会涉及含C、H、O等元素的有机物,您觉得采用B3LYP/GENECP:PM6D3方法,高层原子中Ti原子采用lanl2dz,其他原子采用6-311g(d,p),其他低层原子采用PM6D3方法,这样好一点;还是采用PBE:PM6D3的方法更好一点,或者您有更好的推荐?

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发表于 Post on 2023-12-7 02:48:19 | 只看该作者 Only view this author
JiangYD 发表于 2023-12-6 14:25
我用UFF进行过整体计算,结构很离谱,所以才用半经验的方法算,B3LYP/GENECP:UFF是19年文献中采用的方法 ...

PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时,算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用
http://sobereva.com/373http://bbs.keinsci.com/thread-5625-1-1.html

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发表于 Post on 2023-12-7 08:52:47 | 只看该作者 Only view this author
JiangYD 发表于 2023-12-6 14:17
预期的话Si和Ti都是常见的(IV)氧化态,边缘的Si-O-使用Si-H替代了,边缘的氧原子都没了,所以可能氧原 ...

如果是这样,你的体系要么就不是电中性的,如果是电中性的那么Si和Ti就不全是(IV)。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-7 09:25:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-7 02:48
PBE0-D3(BJ):PM6-D3
lanl2DZ太过时,算能量时候起码用SDD或lanl2TZ(f)
谈谈赝势基组的选用

好的,谢谢sob老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-7 09:26:41 | 只看该作者 Only view this author
阿甘 发表于 2023-12-7 08:52
如果是这样,你的体系要么就不是电中性的,如果是电中性的那么Si和Ti就不全是(IV)。

好的,那我去算一下Ti和Si的氧化态是多少。

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