hf.li 发表于 2024-1-3 16:56
哦哦，好的谢谢你！
我的表述有误，他没有提供给我任何信息，我的续跑的意思是从开始得到拓扑文件，建立 ...

你好，请问Pdbfixer可以解决这个问题嘛？

我和你错误一样，请问这样可以继续跑吗？

jackshoulder 发表于 2024-1-3 16:25
首先，你要在他跑完了pdb结构上续跑，严格来说，你应该要有他原来的cpt，tpr文件，才能严格续跑，如果你没 ...

哦哦，好的谢谢你！
我的表述有误，他没有提供给我任何信息，我的续跑的意思是从开始得到拓扑文件，建立盒子啥的重新来一次，只用它这个PDB，如果他构象相对准确，应该平衡很快吧；

我去试一下这个 PDBfixer看能否解决这个问题；

我忽视这个警告继续跑了，大概跑一分钟左右能量极小化就会显示显示浮点数例外（核心已转储）,但是前面只有这一个警告就是单体之间的距离太远了，我觉得这个是根本问题，得解决

首先，你要在他跑完了pdb结构上续跑，严格来说，你应该要有他原来的cpt，tpr文件，才能严格续跑，如果你没有这些文件直接跑的话，体系里边的粒子的初速度是没有的，那么就很有可能和原始的结果续不上，比如，rmsd走向会变化很大。

你这个问题我之前也遇到过，其实那个OXT是可以不用删除的，你用pdbfixer查看一下，是否有非标；另外，你用别人跑完了的结构续跑，那么你就得和人家用的力场一致，参数一致，才是对的做法，有可能你根本就没有用之前一样的参数；续跑有cpt、tpr里边就记录了续跑前的参数；

至于这个警告，你可以-maxwarn忽略掉，又不是error，（核心已转储），很有可能是结构、参数、设置不对，也有可能是硬件设备的问题，如果是warning，你就忽略掉，出现转储那你就继续续跑上，就行了