求助，蛋白二聚体和小分子跑GROMACS能量最小化的时候跑崩了，显示浮点数例外，核心

hf.li

首先，我在拿到别人提供给我的一个二聚体和一个小分子的模拟完的PDB结构，其并没有提供其它以外的任何信息，我想续跑判断一下其提供给我的结构是否稳定与合理；续跑时候生成拓扑文件就报错了：Atom OXT in residue ALA 320 was not found in rtp entry ALA with 10 atoms while sorting atoms ;这个蛋白单体为320个氨基酸，里面共有两个分子共有640个氨基酸，发现pdb结构中确实如图所示，多了一个 OXT，我去google搜索了一下，这个可以删除，同时我也发现pdb中间的ALA都没有OXT这个原子，于是我就删除了OXT接下来都挺顺利的，直到能量极小化的时候给我一个警告：如下图，然后接下来能量极小化时候也警告两个原子见距离太大了，强制运行就崩溃了，显示浮点数例外（核心已转储）;我猜测是由于单体之间320-321之间没有化学键，是断开的距离太远所以报错了。
我有以下两个问题：
1.碰到这个多聚体跑动力学中间断开的情况正确应该怎么操作呢？
2.我删除OXT的做法是否正确，如果不正确应该咋办呢？
3.接下来该怎么办呢？
谢谢解答！不胜感激！身边没人做这个，只能来万能的公社了

jackshoulder

首先，你要在他跑完了pdb结构上续跑，严格来说，你应该要有他原来的cpt，tpr文件，才能严格续跑，如果你没有这些文件直接跑的话，体系里边的粒子的初速度是没有的，那么就很有可能和原始的结果续不上，比如，rmsd走向会变化很大。

你这个问题我之前也遇到过，其实那个OXT是可以不用删除的，你用pdbfixer查看一下，是否有非标；另外，你用别人跑完了的结构续跑，那么你就得和人家用的力场一致，参数一致，才是对的做法，有可能你根本就没有用之前一样的参数；续跑有cpt、tpr里边就记录了续跑前的参数；

至于这个警告，你可以-maxwarn忽略掉，又不是error，（核心已转储），很有可能是结构、参数、设置不对，也有可能是硬件设备的问题，如果是warning，你就忽略掉，出现转储那你就继续续跑上，就行了

hf.li

jackshoulder 发表于 2024-1-3 16:25
首先，你要在他跑完了pdb结构上续跑，严格来说，你应该要有他原来的cpt，tpr文件，才能严格续跑，如果你没 ...

哦哦，好的谢谢你！
我的表述有误，他没有提供给我任何信息，我的续跑的意思是从开始得到拓扑文件，建立盒子啥的重新来一次，只用它这个PDB，如果他构象相对准确，应该平衡很快吧；

我去试一下这个 PDBfixer看能否解决这个问题；

我忽视这个警告继续跑了，大概跑一分钟左右能量极小化就会显示显示浮点数例外（核心已转储）,但是前面只有这一个警告就是单体之间的距离太远了，我觉得这个是根本问题，得解决

-Vanilla-

我和你错误一样，请问这样可以继续跑吗？

Liota

hf.li 发表于 2024-1-3 16:56
哦哦，好的谢谢你！
我的表述有误，他没有提供给我任何信息，我的续跑的意思是从开始得到拓扑文件，建立 ...

你好，请问Pdbfixer可以解决这个问题嘛？