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氢键的IRI散点图尖端值和CVB顺序对不上

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发布时间: 2024-1-21 04:02

正文摘要:

从IRI图中看到有四个氢键,分别为氢键1,2,3,4,后来做了他们的散点图,发现一个强氢键,三个个弱氢键,为了把尖端一一对应,又做了ELF,他们的尖端值分别是-0.009258,-0,0105866,-0.0352517,-0,0070575,氢键强度 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-1-23 03:24:32
赤赤媛 发表于 2024-1-22 16:07
非常感谢sob老师的指导。最后一句话的意思是:在同一个体系中,范德华作用的spike有可能比弱氢键还要负, ...

如下文介绍的文章所讨论的,对于非常弱的氢键,色散作用本来就是主要来源之一。这种情况下,AIM临界点(如果有)或者spike的位置的电子密度肯定非常小,等值面根据sign(lambda2)rho着色也基本是绿的
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

-0.015左右的spike如果有对应的AIM临界点,应当是在IRI图的绿色区域,在IRI图上可以把AIM临界点一起画出来便于判断。也可能没完全戳到底,导致根本没有AIM临界点,这种情况相应的相互作用只有IRI才能体现,而AIM拓扑分析无法考察。
赤赤媛 发表于 Post on 2024-1-22 16:07:58
sobereva 发表于 2024-1-21 14:39
定量对比用此文的方法,没必要用CVB
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研 ...

非常感谢sob老师的指导。最后一句话的意思是:在同一个体系中,范德华作用的spike有可能比弱氢键还要负,p判断弱氢键还是需要结合体系去看。而我这个体系,找不到该值的cp点,说明根本没有戳下去,对吗
sobereva 发表于 Post on 2024-1-21 14:39:24
定量对比用此文的方法,没必要用CVB
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

IRI可以展现出AIM拓扑分析无法考察的氢键和弱相互作用,仔细看下文提到的IRI原文里我的深入讨论
使用IRI方法图形化考察化学体系中的化学键和弱相互作用
http://sobereva.com/598http://bbs.keinsci.com/thread-23457-1-1.html

-0.015的spike如果实际上没有完全戳到底(格点密度无穷高的情况下),就不会有对应的临界点。如果戳到底了,也未必对应氢键,而临界点很可能出现在范德华作用特征为主的地方。

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