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acpype处理时报错

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MOI_001

发布时间: 2024-1-22 22:44

正文摘要:

运行指令：acpype -i /home/moi/gromacs_MD/1/CX_OA_out.mol2 -a amber2 -c user 报错内容如下： (base) [moi@192 1]$ acpype -i /home/moi/gromacs_MD/1/CX_OA_out.mol2 -a amber2 -c user ==================== ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-1-23 19:45:52

MOI_001 发表于 2024-1-23 13:27
请问如果我是分子对接完成后进行的分子模拟应该参照Sobtop里哪个例子做啊？

http://sobereva.com/soft/Sobtop按里面的普通有机分子的例子（产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的）产生拓扑文件

MOI_001 发表于 Post on 2024-1-23 13:27:01

请问如果我是分子对接完成后进行的分子模拟应该参照Sobtop里哪个例子做啊？

MOI_001 发表于 Post on 2024-1-23 12:54:31

sobereva 发表于 2024-1-22 23:31
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

是对配体文件加氢吗？我用DS加了还是不行报的一样的错误

sobereva 发表于 Post on 2024-1-22 23:31:10

MOI_001 发表于 2024-1-22 22:54
运行后结果有生成相关文件夹，但是无需要的top文件、gro文件和itp文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

当前体系没加氢，根本没法用

另外，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）好用得多得多

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