acpype处理时报错

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-22 22:44:35

运行指令：acpype -i /home/moi/gromacs_MD/1/CX_OA_out.mol2 -a amber2 -c user
报错内容如下：
(base) [moi@192 1]$ acpype -i /home/moi/gromacs_MD/1/CX_OA_out.mol2 -a amber2 -c user
============================================================================
| ACPYPE: AnteChamber PYthon Parser interfacE v. 2023.10.27 (c) 2024 AWSdS |
============================================================================
ERROR: Atoms TOO scattered (> 3.0 Ang.)
ERROR: ++++++++++start_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: ['ATOM 31 O10 ']
['ATOM 32 O11 ']
['ATOM 33 O12 ']
['ATOM 34 O13 ']
ERROR: ++++++++++end_quote+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
ERROR: Use '-f' option if you want to proceed anyway. Aborting ...
ERROR: Coordinates issues with your system
ERROR: ACPYPE FAILED: [Errno 2] No such file or directory: '/home/moi/gromacs_MD/1/.acpype_tmp_CX_OA_out'
Traceback (most recent call last):
  File "/home/moi/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/acpype/cli.py", line 106, in init_main
molecule = ACTopol(
            ^^^^^^^^
  File "/home/moi/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/acpype/topol.py", line 3325, in __init__
self.setResNameCheckCoords()
  File "/home/moi/miniconda3/lib/python3.11/site-packages/acpype/topol.py", line 563, in setResNameCheckCoords
rmtree(self.tmpDir)
  File "/home/moi/miniconda3/lib/python3.11/shutil.py", line 722, in rmtree
onerror(os.lstat, path, sys.exc_info())
  File "/home/moi/miniconda3/lib/python3.11/shutil.py", line 720, in rmtree
orig_st = os.lstat(path, dir_fd=dir_fd)
            ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/home/moi/gromacs_MD/1/.acpype_tmp_CX_OA_out'
Total time of execution: less than a second
Log tmp location: /tmp/tmp79ln1da9
麻烦各位大佬看看是什么问题

纯小白，可以麻烦大佬解答稍微详细一点吗？
后面附上CX_OA_out.mol2原文件，CX_OA_out.mol2：为分子对接后的输出文件

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-22 22:54:36

运行后结果有生成相关文件夹，但是无需要的top文件、gro文件和itp文件

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-22 23:31:10

MOI_001 发表于 2024-1-22 22:54
运行后结果有生成相关文件夹，但是无需要的top文件、gro文件和itp文件

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

当前体系没加氢，根本没法用

另外，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）好用得多得多

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-23 12:54:31

sobereva 发表于 2024-1-22 23:31
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员 ...

是对配体文件加氢吗？我用DS加了还是不行报的一样的错误

MOI_001 · 发表于 Post on 2024-1-23 13:27:01

请问如果我是分子对接完成后进行的分子模拟应该参照Sobtop里哪个例子做啊？

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-23 19:45:52

MOI_001 发表于 2024-1-23 13:27
请问如果我是分子对接完成后进行的分子模拟应该参照Sobtop里哪个例子做啊？

http://sobereva.com/soft/Sobtop按里面的普通有机分子的例子（产生苯甲酸甲酯的GROMACS的拓扑和gro文件：参数完全基于GAFF的）产生拓扑文件

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[GROMACS] acpype处理时报错

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