GROMACS能量最小化无法解决最大距离超过截断距离的问题

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发布时间: 2024-1-24 11:31

体系是三个蛋白，使用insert-molecules命令依次插入一个盒子，得到整体的结构文件，然后加水得到mix_sol.gro。在能量最小化时出现如下图所示的错误,根据以往相关帖子进行修改仍无法解决。

回复 Reply

喵星大佬 发表于 Post on 2024-1-26 16:19:08

如果你的拓扑没出错，那么无所谓就是初始结构问题，但大概率是拓扑有问题，仔细检查拓扑和结构的对应

mtpeng 发表于 Post on 2024-1-26 11:56:22

sobereva 发表于 2024-1-25 04:41
若能正常跑就不用管

ok,谢谢老师。我尝试过在能量最小化的时候无视这个警告，但在下一步做限制动力学时也出现了这个警告，我通过多次交换进行steep和cg进行能量最小化把最大距离降下来了，这个方法是合理的吗？还有一个问题就是出现该警告是否与初始结构不合理有关？我模拟多链蛋白是常出现这种警告。

sobereva 发表于 Post on 2024-1-25 04:41:08

若能正常跑就不用管

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