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[GROMACS] GROMACS能量最小化无法解决最大距离超过截断距离的问题

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体系是三个蛋白,使用insert-molecules命令依次插入一个盒子,得到整体的结构文件,然后加水得到mix_sol.gro。在能量最小化时出现如下图所示的错误,根据以往相关帖子进行修改仍无法解决。

info.zip (553.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)
mix_sol.zip (3.76 MB, 下载次数 Times of downloads: 10)



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公社社长

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发表于 Post on 2024-1-25 04:41:08 | 只看该作者 Only view this author
若能正常跑就不用管
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-1-26 11:56:22 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-1-25 04:41
若能正常跑就不用管

ok,谢谢老师。我尝试过在能量最小化的时候无视这个警告,但在下一步做限制动力学时也出现了这个警告,我通过多次交换进行steep和cg进行能量最小化把最大距离降下来了,这个方法是合理的吗?还有一个问题就是出现该警告是否与初始结构不合理有关?我模拟多链蛋白是常出现这种警告。

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喵星人

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发表于 Post on 2024-1-26 16:19:08 | 只看该作者 Only view this author
如果你的拓扑没出错,那么无所谓就是初始结构问题,但大概率是拓扑有问题,仔细检查拓扑和结构的对应

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