计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register

能量分解分析差异

查看数: 591 | 评论数: 6 | 收藏 Add to favorites 0
关灯 | 提示:支持键盘翻页<-左 右->
    组图打开中,请稍候......
发布时间: 2024-1-26 15:14

正文摘要:

老师好,我将Gromacs动力学结果中选了一个二聚体,想研究他们之间的相互作用,一个是用Multiwfn分子力场做的能量分解分析,一个是sobEDA做的,计算级别为m062x-D3/6-311++g(d,p),但是同一个二聚体却有比较大的差别 ...

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-1-30 03:58:20
李潞琪 发表于 2024-1-30 00:24
抱歉老师我没太懂您的意思,分子力场做的能量分解分析结果是:静电相互作用-40.49kJ/mol,也就是-9.69kca ...

当前是分子间相互作用,应当用sobEDAw(一般推荐结合B3LYP-D3(BJ)),此时不适合用M06-2X-D3,下文明确说了
使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析
http://sobereva.com/685http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html
李潞琪 发表于 Post on 2024-1-30 00:24:04
sobereva 发表于 2024-1-28 02:42
没看出哪相反了,至少当前没有任何具体信息

氢键的物理成份哪种为重,严重取决于氢键特征,看下文,只 ...

抱歉老师我没太懂您的意思,分子力场做的能量分解分析结果是:静电相互作用-40.49kJ/mol,也就是-9.69kcal/mol,色散作用是-323.62kJ/mol,也就是-77.42kcal/mol,色散远大于静电。sobEDA的结果:静电相互作用-180.19kcal/mol,色散作用是-13.24kcal/mol,静电远大于色散。两种能量分解分析结果不一致,所以没办法判断静电作用和色散哪个更大。
再次谢谢老师,给老师添麻烦了。
sobereva 发表于 Post on 2024-1-28 02:42:46
李潞琪 发表于 2024-1-27 16:20
好的,谢谢老师。
本来做能量分解分析的初衷是想看一下氢键相互作用和pi-pi堆积作用哪个更大,我的想法 ...

没看出哪相反了,至少当前没有任何具体信息

氢键的物理成份哪种为重,严重取决于氢键特征,看下文,只能说一般强度的氢键主要是静电作用
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度:一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html

pi-pi堆积的内在本质本来就是色散吸引,而不是“主要是”,参考下文的讨论
全面探究18碳环独特的分子间相互作用与pi-pi堆积特征
http://sobereva.com/572http://bbs.keinsci.com/thread-19660-1-1.html
李潞琪 发表于 Post on 2024-1-27 16:20:07
sobereva 发表于 2024-1-27 00:43
把单位统一了再比
-58.24 kcal/mol相比于-196.33 kJ/mol对应的-46.92 kcal/mol,根本没相差多少,是非常正 ...

好的,谢谢老师。
本来做能量分解分析的初衷是想看一下氢键相互作用和pi-pi堆积作用哪个更大,我的想法是,氢键的主要是静电作用,pi-pi堆积作用主要是是色散,想大概比较一下。但是这两个结果产生了相反的结果。
sobereva 发表于 Post on 2024-1-27 00:43:25
把单位统一了再比
-58.24 kcal/mol相比于-196.33 kJ/mol对应的-46.92 kcal/mol,根本没相差多少,是非常正常的分子力场和DFT计算结果的差异程度
chenzhe 发表于 Post on 2024-1-26 15:20:38
分子力场本来就粗糙,和DFT结果数值不一样很正常。而且从数值上来说-58.24 kcal/mol和-196.33 kJ/mol这个差距还能接受(对于力场和DFT的差别,如果力场合适、电荷合适,也许还能更接近)

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-27 07:41 , Processed in 0.226888 second(s), 26 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list