求助，能量最小化时分子散开；紧接NPT计算，分子键长不对

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发布时间: 2024-1-30 23:13

本帖最后由 Tanghaoru 于 2024-1-31 03:44 编辑目的：Gromacs模拟MIBK(甲基异丁基酮)萃取EC（碳酸乙烯酯）和EG（乙二醇）混合液的EC。问题：使用VMD（用命令行的形式打开了能量最小化后的gro文件和trr文件） ...

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gx8722 发表于 Post on 2024-6-18 17:08:57

Tanghaoru 发表于 2024-1-31 09:46
好的谢谢sob老师！我再排除下。

解决了吗，我也会这样

Tanghaoru 发表于 Post on 2024-1-31 09:46:54

sobereva 发表于 2024-1-31 04:15
通常是拓扑信息有问题，该有的项没有，或者力场参数有严重问题

推荐sobtop（http://sobereva.com/soft ...

好的谢谢sob老师！我再排除下。

sobereva 发表于 Post on 2024-1-31 04:15:17

Tanghaoru 发表于 2024-1-31 03:46
那个分子散开缺失，还不知道怎么回事

通常是拓扑信息有问题，该有的项没有，或者力场参数有严重问题

推荐sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生基于GAFF力场的拓扑文件，只要给sobtop的mol2文件里连接关系在gview正确，就不会有这种问题

Tanghaoru 发表于 Post on 2024-1-31 03:46:49

那个分子散开缺失，还不知道怎么回事

Tanghaoru 发表于 Post on 2024-1-31 03:45:42

解决了胡乱成键

Tanghaoru 发表于 Post on 2024-1-31 03:11:04

参考这篇的做法“http://bbs.keinsci.com/thread-20047-1-1.html”

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