寻找有机胺和水的质子转移过程，无法寻找到过渡态的问题求助

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发布时间: 2024-3-4 17:40

寻找有机胺和水的质子转移过程，尝试各种初猜结构，做了很多扫描，一直找不到过渡态，代码和图示如下。 # b3lyp/6-31g* opt(ts,calcfc,noeigen) SCRF=SMD freq a 1 1 H 3.0396403 ...

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Ekko777 发表于 Post on 2024-3-12 19:53:34

wzkchem5 发表于 2024-3-12 16:39
按https://bdf-manual.readthedocs.io/zh-cn/latest/guide/Optimization.html#geomoptnotconverged的方法 ...

谢谢老师。%

wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-12 16:39:53

Ekko777 发表于 2024-3-12 03:44
老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

Ekko777 发表于 Post on 2024-3-12 10:44:05

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

Ekko777 发表于 Post on 2024-3-7 09:30:12

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

懂了，谢谢老师。

wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-6 22:59:21

Ekko777 发表于 2024-3-6 15:09
谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子 ...

可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应物反应掉了，要么是H3O+生成以后，因为向远离胺的方向的运动速度足够快，所以即便逆反应的能垒为0，也没有立即发生逆反应，把质子给回胺

Ekko777 发表于 Post on 2024-3-6 22:09:21

wzkchem5 发表于 2024-3-5 17:44
我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在 ...

谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子放在一块寻找过渡态？

谢谢

wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-5 17:44:42

Ekko777 发表于 2024-3-5 10:13
谢谢，老师！但这就让人很不理解，目前的报道质子化胺都是在水的参与下加热去质子的，是我的模拟思路有问 ...

我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在H3O+生成以后马上把H3O+从胺旁边挪走，否则就会发生逆反应，回到反应物

Ekko777 发表于 Post on 2024-3-5 17:11:43

sobereva 发表于 2024-3-5 02:38
分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

谢谢，老师！

sobereva 发表于 Post on 2024-3-5 02:38:21

分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

当前计算应当至少给转移的H带上极化函数

大概率没有过渡态，做个柔性扫描就能判断

wzkchem5 发表于 Post on 2024-3-4 18:18:00

确定这个反应不是无垒反应吗？
我个人的经验是，大部分找不到过渡态的问题，都是因为所要找的过渡态根本就不存在，这个反应的能量是一路上坡或一路下坡的

Sui1999 发表于 Post on 2024-3-4 18:14:12

我找不到过渡态的话，会先用限制一些坐标去做过渡态优化，然后拿这个结构进一步优化，有时候会有效

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