寻找有机胺和水的质子转移过程，无法寻找到过渡态的问题求助

Ekko777

寻找有机胺和水的质子转移过程，尝试各种初猜结构，做了很多扫描，一直找不到过渡态，代码和图示如下。
# b3lyp/6-31g* opt(ts,calcfc,noeigen) SCRF=SMD freq

a

1 1
H    3.0396403    -0.765794    -0.1285188
C    -2.969721    -0.549905    0.065517
H    -3.703106    -0.704311    0.863161
H    -3.521897    -0.345034    -0.865613
C    -2.059854    0.625266    0.399852
H    -2.653953    1.543599    0.52976
H    -1.561517    0.418855    1.352753
C    0.122826    1.571158    -0.266123
H    -0.147555    2.499882    0.260959
H    0.64406    1.858797    -1.185331
C    1.087426    0.800011    0.630271
N    -1.033941    0.756045    -0.647353
N    1.430041    -0.53756    0.020738
O    -2.211384    -1.756753    -0.055231
H    -1.465895    1.176253    -1.468144
H    -1.436347    -1.497983    -0.588963
H    2.018692    1.354705    0.752424
H    0.668351    0.607051    1.617717
H    0.994345    -0.622644    -0.904652
H    1.050598    -1.306098    0.580619
O    4.320614    -0.736798    -0.144376
H    4.582073    -0.579852    0.779407
H    4.553477    0.097696    -0.586949

Sui1999

我找不到过渡态的话，会先用限制一些坐标去做过渡态优化，然后拿这个结构进一步优化，有时候会有效

wzkchem5

确定这个反应不是无垒反应吗？
我个人的经验是，大部分找不到过渡态的问题，都是因为所要找的过渡态根本就不存在，这个反应的能量是一路上坡或一路下坡的

sobereva

分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298（http://bbs.keinsci.com/thread-1358-1-1.html）

当前计算应当至少给转移的H带上极化函数

大概率没有过渡态，做个柔性扫描就能判断

Ekko777

sobereva 发表于 2024-3-5 02:38
分清楚“输入文件”和“代码”
仔细看
计算化学中的一些常见不良写法和用词

谢谢，老师！

Ekko777

wzkchem5 发表于 2024-3-4 18:18
确定这个反应不是无垒反应吗？
我个人的经验是，大部分找不到过渡态的问题，都是因为所要找的过渡态根本就 ...

谢谢，老师！但这就让人很不理解，目前的报道质子化胺都是在水的参与下加热去质子的，是我的模拟思路有问题吗

wzkchem5

Ekko777 发表于 2024-3-5 10:13
谢谢，老师！但这就让人很不理解，目前的报道质子化胺都是在水的参与下加热去质子的，是我的模拟思路有问 ...

我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在H3O+生成以后马上把H3O+从胺旁边挪走，否则就会发生逆反应，回到反应物

Ekko777

wzkchem5 发表于 2024-3-5 17:44
我的意思是，可能质子化的胺和水生成胺和H3O+的反应，能量是一路上坡的，所以得靠热运动或者外来的碱，在 ...

谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子放在一块寻找过渡态？

谢谢

wzkchem5

Ekko777 发表于 2024-3-6 15:09
谢谢老师，如果是这样子的话，会不会是生成的H3O+直接与下一反应物反应，这样的话是否应该是将这三个分子 ...

可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应物反应掉了，要么是H3O+生成以后，因为向远离胺的方向的运动速度足够快，所以即便逆反应的能垒为0，也没有立即发生逆反应，把质子给回胺

Ekko777

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

懂了，谢谢老师。

Ekko777

wzkchem5 发表于 2024-3-6 22:59
可能是，也可能不是。这就是为什么我说热运动”或“外来的碱，也就是要么H3O+一经生成马上和下一步的反应 ...

老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

wzkchem5

Ekko777 发表于 2024-3-12 03:44
老师，还想学习一下无垒反应的判据是什么，有文献可以参考吗

按https://bdf-manual.readthedocs.i ... geomoptnotconverged的方法判断

Ekko777

wzkchem5 发表于 2024-3-12 16:39
按https://bdf-manual.readthedocs.io/zh-cn/latest/guide/Optimization.html#geomoptnotconverged的方法 ...

谢谢老师。%