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有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，体系能量最小化力这一项不收敛

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Treein

发布时间: 2024-3-13 21:27

正文摘要:

本帖最后由 Treein 于 2024-3-14 20:55 编辑正在gromacs做有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，顺便看看水在碳纳米管上的取向和分布。先是基于sobtop构建了碳纳米管和有机小分子的拓扑文件（gaff力 ...

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Treein 发表于 Post on 2024-3-14 16:20:03

本帖最后由 Treein 于 2024-3-15 10:09 编辑

sobereva 发表于 2024-3-14 09:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

谢谢社长的提醒！我把除了碳纳米管的所有分子放在一起跑了一遍能量最小化并没有出错，所以应该是碳纳米管的问题。碳管的gro和top我都是按照sobtop生成的，初始模型是用Nanotube Modeler生成的pdb，用的默认键长等参数。难道这样里面的参数也会出错吗?
已解决，是生成碳管的模型带有悬挂键而出错

sobereva 发表于 Post on 2024-3-14 09:19:46

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

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