有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，体系能量最小化力这一项不收敛

Treein

正在gromacs做有机小分子在碳纳米管上（溶剂：水）的吸附问题，顺便看看水在碳纳米管上的取向和分布。
先是基于sobtop构建了碳纳米管和有机小分子的拓扑文件（gaff力场），再用Multiwfn计算了有机小分子的电荷。
先建立一个盒子，把一个碳管和几十个有机小分子放进去，再添加溶剂水，最后由于体系带负电所以加了Na中和电荷。水和离子的相关itp等是从amber99sb里面扣出来的。
最后得到体系的top gro 文件， mdp是基于别人的。
但是在能量最小化时，报错，如下图，力这一项不收敛。同时打开VMD观察输出的gro文件，发现碳管变形，碳之间多了键连关系。
从论坛里查了一下可能的原因，感觉是不是碳纳米管的拓扑就有问题？ 我仔细看了一下没发现问题在哪里，还请各位老师帮我看一下，谢谢！
后面排除了碳管发现能量最小化可以收敛，，，但具体哪里出问题还不知道。。

sobereva

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

Treein

sobereva 发表于 2024-3-14 09:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的由简到繁一点点排查

谢谢社长的提醒！ 我把除了碳纳米管的所有分子放在一起跑了一遍能量最小化 并没有出错，所以应该是碳纳米管的问题。碳管的gro和top我都是按照sobtop生成的，初始模型是用Nanotube Modeler生成的pdb，用的默认键长等参数。难道这样里面的参数也会出错吗?
已解决，是生成碳管的模型带有悬挂键而出错