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求助大分子的相互作用能用什么软件能够计算

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发布时间: 2024-4-4 13:58

正文摘要:

之前用MS尝试计算下面两个大分子之间的相互作用能、内聚能密度,以及在Fe2+、Fe3+影响下的大分子之间的相互作用能、内聚能密度,然后发现MS的所有力场都不支持三价铁离子,想求助一下哪位大佬做过类似的含二价、三价 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-4-4 16:17:08
直接就可以用sobtop产生拓扑文件,Fe可以用sobtop自动给的UFF参数,也可以自己改成Merz等其它来源的。参考
使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件
http://sobereva.com/635http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html

sobtop也可以直接用于聚合物,http://sobereva.com/soft/Sobtop里有具体例子

如果Fe的配位区域是刚性的,建议用sobtop创建拓扑文件时只把配位区域用刚性模型(基于量化优化的配合物结构,对那部分用自动猜的刚性成键相关参数就可以),其余部分用GAFF的,以正常描述柔性
Lacrimosa 发表于 Post on 2024-4-4 14:12:49
三价铁的力场,
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.0c01320
需要其他的离子就检索 Kenneth M. Merz Jr. 的论文就行
用gromacs应该就能模拟,聚合物或许能用AutoFF建模获取力场参数

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