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直接就可以用sobtop产生拓扑文件,Fe可以用sobtop自动给的UFF参数,也可以自己改成Merz等其它来源的。参考 使用Sobtop超级方便地创建二茂铁的GROMACS的拓扑文件 http://sobereva.com/635(http://bbs.keinsci.com/thread-27803-1-1.html) sobtop也可以直接用于聚合物,http://sobereva.com/soft/Sobtop里有具体例子 如果Fe的配位区域是刚性的,建议用sobtop创建拓扑文件时只把配位区域用刚性模型(基于量化优化的配合物结构,对那部分用自动猜的刚性成键相关参数就可以),其余部分用GAFF的,以正常描述柔性 |
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三价铁的力场, https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jctc.0c01320 需要其他的离子就检索 Kenneth M. Merz Jr. 的论文就行 用gromacs应该就能模拟,聚合物或许能用AutoFF建模获取力场参数 |
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