zql2023 发表于 2024-4-9 16:12
老师，我没有计算基础，等明年的培训班也来不及，买CP2K培训班往期资料自学可以快速上手吗？

可以，北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里面有购买方式
把课上说的关键要点了解了、把课上的例子搞明白了，之后结合Multiwfn创建输入文件跑起来相当容易

sobereva 发表于 2024-4-9 11:05
1 根本不用自己建，这种体系找晶体结构文件就完了

2 是为了得到有限长度的链，末端肯定是封闭的

老师，我没有计算基础，等明年的培训班也来不及，买CP2K培训班往期资料自学可以快速上手吗？

zql2023 发表于 2024-4-8 11:03
老师您好抱歉打扰您一下，想请教您关于建模流程的一些问题：
1. 这是我根据文献1（图1）提供的晶胞参数 ...

1 根本不用自己建，这种体系找晶体结构文件就完了

2 是为了得到有限长度的链，末端肯定是封闭的
GaussView就能操作

3 你若要计算周期性的PE当然不需要2、3步。CP2K是首选，又免费又快功能又全结合Multiwfn使用又方便，北京科音又有专门的CP2K培训可以顺利上手

zql2023 发表于 2024-4-7 11:25
老师，我保存为mol2文件后还有一些问题想请教：

1. 跳出的界面显示链段是这样的(图1)，然后我打开保存 ...

GaussView保存的mol2文件不记录晶格矢量，所以周期性保存成mol2之后再打开，就会发现晶胞信息已经丧失了。
所以要保留晶格矢量信息，就得保存成gjf格式，里面自动带了Tv。如果要转成其它常见的格式，如xyz、pdb、cif等，都可以用Multiwfn载入gjf后用主功能100的子功能2转

Tv = translation vector，没有这个信息周期性就没了，显然得有

保存成mol2自然就包含连接关系了，和GaussView里看到的相同
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

Openbabel，把SMILES字符串直接转成三维结构，参考
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://sobereva.com/440（http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html）
自己写个小程序，产生想要的结构的SMILES字符串给Openbabel处理就完了