请教大家如何构建无限长度的线性高分子链段模型？

zql2023

各位老师好！抱歉打扰各位老师，有一些关于构建模型的问题想请教。
1. 我想构造的一个无限长度的高分子链：我按照《GaussView PBC Tutorials》中教程1，完成了线性链段的构造，然后将其保存为gjf文件(附件1)的时候，原子坐标部分多出了一个“Tv” ，文件尾部也没有成键说明。
2. GaussView是收费软件，请问大家有什么免费开源的建模软件推荐吗？能够构建这种周期性模型的。

sobereva

Tv = translation vector，没有这个信息周期性就没了，显然得有

保存成mol2自然就包含连接关系了，和GaussView里看到的相同
谈谈记录化学体系结构的mol2文件
http://sobereva.com/655（http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html）

Openbabel，把SMILES字符串直接转成三维结构，参考
基于OpenBabel批量产生特定基团以任意方式接到苯上的结构的方法
http://sobereva.com/440（http://bbs.keinsci.com/thread-10824-1-1.html）
自己写个小程序，产生想要的结构的SMILES字符串给Openbabel处理就完了

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-7 05:54
Tv = translation vector，没有这个信息周期性就没了，显然得有

保存成mol2自然就包含连接关系了，和Gau ...

老师，我保存为mol2文件后还有一些问题想请教：

1. 跳出的界面显示链段是这样的(图1)，然后我打开保存好的mol2文件，就显示1号碳和7号碳是双键相连(图2)，两个显示的原子数也不一样多，一个是10个一个是8个，然后我将弹出10个原子的这个界面再次进行保存mol2文件，得到的文件和第一次保存的文件不太一样，原子坐标部分出现了“?d9”“?d10”。

2. 因为我想构建的是聚合物晶体，所以我又点开了“PBC Editor”进行编辑，显示里面的晶格维度变成了0维，老师我保存的时候是以一维保存的为什么现在就是0维了呢？

3. 我将晶格维度选择为3之后，进行晶胞复制，在第一次保存好的文件上进行复制得到了图3，使用弹出时的进行复制得到是图4，请问老师如果构建一个晶胞内包含有两条无限长分子链段的话是这两个文件中的哪一个呢？


4. 老师请问有关于聚合物晶体模型构造的相关资料或者博文可以推荐一下吗？我现在对于模型的构造流程不清楚是什么样的。

sobereva

zql2023 发表于 2024-4-7 11:25
老师，我保存为mol2文件后还有一些问题想请教：

1. 跳出的界面显示链段是这样的(图1)，然后我打开保存 ...

GaussView保存的mol2文件不记录晶格矢量，所以周期性保存成mol2之后再打开，就会发现晶胞信息已经丧失了。
所以要保留晶格矢量信息，就得保存成gjf格式，里面自动带了Tv。如果要转成其它常见的格式，如xyz、pdb、cif等，都可以用Multiwfn载入gjf后用主功能100的子功能2转

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-8 02:40
GaussView保存的mol2文件不记录晶格矢量，所以周期性保存成mol2之后再打开，就会发现晶胞信息已经丧失了 ...

老师您好抱歉打扰您一下，想请教您关于建模流程的一些问题：
1. 这是我根据文献1（图1）提供的晶胞参数进行构造的聚乙烯晶体（图2，图3），文献中链与链之间有一定的夹角，所以我右键旋转了一下角度，请问这样可以吗？您能看一下我的结构文件是否正确吗？

2. 我建立模型的流程参照的是文献2中的步骤(图4)，文中提到的步骤2是去除底层碳和所有的氢，这一步的作用是什么呢？步骤3形成折叠对齐链段和步骤四重新分配氢原子并进行结构优化，是怎么实现的呢？

3. 如果我跳过步骤2和3直接进行几何优化可以吗？我构建的这种周期性的模型几何优化是要在CP2K中进行吗？

sobereva

zql2023 发表于 2024-4-8 11:03
老师您好抱歉打扰您一下，想请教您关于建模流程的一些问题：
1. 这是我根据文献1（图1）提供的晶胞参数 ...

1 根本不用自己建，这种体系找晶体结构文件就完了

2 是为了得到有限长度的链，末端肯定是封闭的
GaussView就能操作

3 你若要计算周期性的PE当然不需要2、3步。CP2K是首选，又免费又快功能又全结合Multiwfn使用又方便，北京科音又有专门的CP2K培训可以顺利上手

zql2023

sobereva 发表于 2024-4-9 11:05
1 根本不用自己建，这种体系找晶体结构文件就完了

2 是为了得到有限长度的链，末端肯定是封闭的

老师，我没有计算基础，等明年的培训班也来不及，买CP2K培训班往期资料自学可以快速上手吗？

sobereva

zql2023 发表于 2024-4-9 16:12
老师，我没有计算基础，等明年的培训班也来不及，买CP2K培训班往期资料自学可以快速上手吗？

可以，北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html）里面有购买方式
把课上说的关键要点了解了、把课上的例子搞明白了，之后结合Multiwfn创建输入文件跑起来相当容易