蛋白配体复合物动力学模拟结果，配体rmsd需要收敛吗？

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发布时间: 2024-4-6 20:40

本帖最后由 CHJ2841666311 于 2024-4-6 21:43 编辑各位老师好，我用gromacs进行蛋白配体复合物的动力学模拟，结果分析得到的配体的rmsd结果并不收敛（如ligand.png所示，是在去除轨迹和纠正周期性之后，使用gmx ...

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CHJ2841666311 发表于 Post on 2024-4-7 13:42:57

Seyilaxa 发表于 2024-4-6 22:20
大多数配体本身也是柔性的，有0.0几nm的波动是正常的。一般也不会从配体的RMSD来判断体系是否到达平衡

好的，谢谢老师的回复。

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-4-6 22:20:50

大多数配体本身也是柔性的，有0.0几nm的波动是正常的。一般也不会从配体的RMSD来判断体系是否到达平衡

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