使用GROMACS生成RMSD时tpr输入文件如何选择？

查看数: 1283 | 评论数: 4 | 收藏 Add to favorites 0

关灯 | 提示：支持键盘翻页<-左右->

发布时间: 2024-4-10 22:45

各位老师好，我发现在GROMACS 官方的教程中计算RMSD时有时采用运行MD后得到的md.tpr文件，如”水中溶菌酶”教程中查看蛋白质的RMSD gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns 有时又采用执行 ...

回复 Reply

crazy233 发表于 Post on 2024-4-11 10:12:21

sobereva 发表于 2024-4-11 01:09
是先有md.tpr你才能跑MD

哦哦，是我疏忽了，这下懂了，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-4-11 01:09:15

crazy233 发表于 2024-4-10 23:30
意思是一般使用运行MD后得到的md.tpr文件是吗，我明白了，谢谢sob老师

是先有md.tpr你才能跑MD

crazy233 发表于 Post on 2024-4-10 23:30:23

sobereva 发表于 2024-4-10 23:07
一般情况下就用跑当前轨迹的任务的tpr就完了

意思是一般使用运行MD后得到的md.tpr文件是吗，我明白了，谢谢sob老师

sobereva 发表于 Post on 2024-4-10 23:07:25

一般情况下就用跑当前轨迹的任务的tpr就完了

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register