使用GROMACS生成RMSD时tpr输入文件如何选择？

crazy233 · 发表于 Post on 2024-4-10 22:45:17

各位老师好，我发现在GROMACS 官方的教程中计算RMSD时有时采用运行MD后得到的md.tpr文件，如”水中溶菌酶”教程中查看蛋白质的RMSD
gmx rms -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd.xvg -tu ns
有时又采用执行能量最小化后得到的em.tpr文件，如”水中溶菌酶”教程中查看晶体结构的 RMSD
gmx rms -s em.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -o rmsd_xtal.xvg -tu ns
和”蛋白-配体复合物”教程中计算 JZ4重原子的RMSD
gmx rms -s em.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -tu ns -o rmsd_jz4.xvg

本人在GROMACS2020.6中分别尝试使用
gmx rms -s em.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd_complex.xvg -tu ns
gmx rms -s md_0_10.tpr -f md_0_10_center.xtc -n index.ndx -o rmsd_complex.xvg -tu ns
并选择 22 （“Protein_JZ4”）作为最小二乘拟合和 RMSD 计算的组
得到的蛋白配体复合物RMSD结果虽然在具体数值上均存在细微差异，但作图得到的趋势近乎重合

想问一下官方教程中选择md.tpr和em.tpr两种不同的输入文件的背后有什么原因吗？得到的RMSD结果又有什么不同呢？

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-10 23:07:25

一般情况下就用跑当前轨迹的任务的tpr就完了

crazy233 · 发表于 Post on 2024-4-10 23:30:23

sobereva 发表于 2024-4-10 23:07
一般情况下就用跑当前轨迹的任务的tpr就完了

意思是一般使用运行MD后得到的md.tpr文件是吗，我明白了，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2024-4-11 01:09:15

crazy233 发表于 2024-4-10 23:30
意思是一般使用运行MD后得到的md.tpr文件是吗，我明白了，谢谢sob老师

是先有md.tpr你才能跑MD

crazy233 · 发表于 Post on 2024-4-11 10:12:21

sobereva 发表于 2024-4-11 01:09
是先有md.tpr你才能跑MD

哦哦，是我疏忽了，这下懂了，谢谢sob老师

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