| 这种情况应该把金属单独处理，因为库里面没有金属的键连信息，把其他的作为一个整体处理。不过太长时间了，不知道对大家还有没有用处，我也是刚遇到这个错误，不过我马上意识到这个问题。 |
| 我之前在mailing list里面问过，貌似目前antechamber还不支持B原子！ |
| 您好 请问这个问题您解决了吗 我现在也遇到了这个问题 |
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我也试了下B（OH）4-离子 判断键也不行 但是输出选mol2还是能看到各种拟合的电荷的 又找了下gaff和gaff2的力场文件 里面没看到B这个元素，应该是没有这个元素，所以不能识别 不过这种离子和有机物差距还是比较大的 用mk方法还是chelpg方法得到的resp电荷比较好？ |
laoman 发表于 2016-12-14 19:01 谢谢提醒！ 我根据你说的再试一下，看能不能找个办法比对 |
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我刚试了一下，好像运行antechamber的时候加个" -j 1" 的参数可以暂时忽略掉键的判断。然而我不知道在键型（Manual上写了六种：1, 2, 3, 7, 8, 9）情况下拟合的RESP电荷对不对，有没有影响？ 加了上面那个参数我得到了mol_resp.ac文件，打开一看里面的BOND参数全都是0（如："BOND 57 28 29 0 C22 C23"，倒数第三项是bond type）。那么我手动根据PDB里的连接类型更改了这个bondtype的参数，再用gaff处理小分子，这回似乎能判断bondtype了，然而判断的结果和我原来修改过的mol_resp.ac还是有很大出入………… |
laoman 发表于 2016-12-14 17:27 还没有解决。 我做这个动力学模拟时是为了构象搜索，所以要求很低，只是想让动力学给自动的提供很多初猜，所以我把相应的原子都换成了构象类似的等电子体，如四配位的都换成碳、三陪位的变成亚胺，获得结构后用脚本置换输出文件中的元素，用半经验优化了。算是一个比较扯的work around. 尚不知道有什么解决方法。 |
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请问楼主问题解决了吗？我也遇到了类似的问题。AmberTools 的manual不建议单独运行antechamber 自动call的程序（atomtype, bondtype等）。然而现在是出错了，请问您知道antechamber拟合电荷时的大体流程吗？ 管理员2019-May-15注：用ambertools计算RESP电荷的做法已经完全过时，目前算RESP电荷的最理想做法是用Multiwfn程序，极度快速、灵活和方便，也不会因为成键、元素问题导致像antechamber那样产生不了RESP电荷。详见 RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算 http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html） 计算RESP原子电荷的超级懒人脚本（一行命令就算出结果） http://sobereva.com/476（http://bbs.keinsci.com/thread-12858-1-1.html） |
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