在进行nvt平衡后，要模拟的单个氨基酸分子跑到水盒子边缘

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qyl

发布时间: 2024-4-16 21:42

本帖最后由 qyl 于 2024-4-16 21:47 编辑想要模拟出一个氨基酸分子在水溶液中，与水分子的第一配位层的簇模型，在进行NVT平衡时，氨基酸分子从水盒子中间跑到水盒子边缘，但结果显示已经平衡。不知道存在哪些问 ...

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qyl 发表于 Post on 2024-4-18 19:05:59

sobereva 发表于 2024-4-18 07:01
看具体体系
你的体系不是需要用位置限制的情况，没有任何理由用。生物大分子等情况才需要，用位置限制的 ...

好的，多谢

sobereva 发表于 Post on 2024-4-18 07:01:58

qyl 发表于 2024-4-17 09:25
好的，一般在预平衡阶段都会限制结构进行平衡吗？在成品模拟时放开所有限制？谢谢老师

看具体体系
你的体系不是需要用位置限制的情况，没有任何理由用。生物大分子等情况才需要，用位置限制的时候必须有明确目的

qyl 发表于 Post on 2024-4-17 09:25:10

sobereva 发表于 2024-4-17 05:06
你不给氨基酸用位置限制或者设置消除平动，凭什么氨基酸不会自由运动

好的，一般在预平衡阶段都会限制结构进行平衡吗？在成品模拟时放开所有限制？谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-4-17 05:06:01

你不给氨基酸用位置限制或者设置消除平动，凭什么氨基酸不会自由运动

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