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[GROMACS] 在进行nvt平衡后,要模拟的单个氨基酸分子跑到水盒子边缘

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本帖最后由 qyl 于 2024-4-16 21:47 编辑

想要模拟出一个氨基酸分子在水溶液中,与水分子的第一配位层的簇模型,在进行NVT平衡时,氨基酸分子从水盒子中间跑到水盒子边缘,但结果显示已经平衡。不知道存在哪些问题?
以下为平衡前的结构和平衡后的温度曲线图以及最后一帧结构。

屏幕截图 2024-04-16 211055.png (446.7 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

最后一帧结构

最后一帧结构

屏幕截图 2024-04-16 212524.png (608.3 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

平衡前

平衡前

屏幕截图 2024-04-16 211619.png (102.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

屏幕截图 2024-04-16 211619.png

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发表于 Post on 2024-4-17 05:06:01 | 只看该作者 Only view this author
你不给氨基酸用位置限制或者设置消除平动,凭什么氨基酸不会自由运动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-17 09:25:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-17 05:06
你不给氨基酸用位置限制或者设置消除平动,凭什么氨基酸不会自由运动

好的,一般在预平衡阶段都会限制结构进行平衡吗?在成品模拟时放开所有限制?谢谢老师

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发表于 Post on 2024-4-18 07:01:58 | 只看该作者 Only view this author
qyl 发表于 2024-4-17 09:25
好的,一般在预平衡阶段都会限制结构进行平衡吗?在成品模拟时放开所有限制?谢谢老师

看具体体系
你的体系不是需要用位置限制的情况,没有任何理由用。生物大分子等情况才需要,用位置限制的时候必须有明确目的
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-18 19:05:59 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-18 07:01
看具体体系
你的体系不是需要用位置限制的情况,没有任何理由用。生物大分子等情况才需要,用位置限制的 ...

好的,多谢

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