求助:蛋白质模拟过程中跳出盒子

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发布时间: 2024-4-22 21:00

本帖最后由 MGRACE 于 2024-4-23 10:35 编辑模拟体系中含有聚合物，蛋白质，水和离子，用VMD观看轨迹发现有一帧蛋白突然跳出了盒子，后面也一直处在外面。用了-center，-pbc mol等命令后观看轨迹还是跳出来。想 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-4-24 06:18:33

要么-pbc res或-pbc atom，使得残基或原子始终在盒子里，要么-center并且选protein使得蛋白质始终在盒子中央

Seyilaxa 发表于 Post on 2024-4-23 12:27:42

用-center时把蛋白放在盒子中间

MGRACE 发表于 Post on 2024-4-23 10:36:17

sobereva 发表于 2024-4-23 08:50
突然跳出的前后那两帧截图都给出来，以及初始帧的截图也给出来

老师好，跳出前后和初始帧的图片放在一楼了

sobereva 发表于 Post on 2024-4-23 08:50:57

突然跳出的前后那两帧截图都给出来，以及初始帧的截图也给出来

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