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[GROMACS] 求助:蛋白质模拟过程中跳出盒子

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本帖最后由 MGRACE 于 2024-4-23 10:35 编辑

模拟体系中含有聚合物,蛋白质,水和离子,用VMD观看轨迹发现有一帧蛋白突然跳出了盒子,后面也一直处在外面。用了-center,-pbc mol等命令后观看轨迹还是跳出来。想问下老师们如何处理轨迹才能让蛋白始终处于盒子内呢?

2024-04-22 20-04-52 的屏幕截图.png (18.89 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

蛋白RMSD

蛋白RMSD

2024-04-22 20-26-07 的屏幕截图.png (285.21 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

2024-04-22 20-26-07 的屏幕截图.png

2024-04-23 10-22-07 的屏幕截图.png (360.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 8)

跳出前

跳出前

2024-04-23 10-22-57 的屏幕截图.png (379.65 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

跳出后

跳出后

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发表于 Post on 2024-4-23 08:50:57 | 只看该作者 Only view this author
突然跳出的前后那两帧截图都给出来,以及初始帧的截图也给出来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-4-23 10:36:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-4-23 08:50
突然跳出的前后那两帧截图都给出来,以及初始帧的截图也给出来

老师好,跳出前后和初始帧的图片放在一楼了

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发表于 Post on 2024-4-23 12:27:42 | 只看该作者 Only view this author
用-center时把蛋白放在盒子中间
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发表于 Post on 2024-4-24 06:18:33 | 只看该作者 Only view this author
要么-pbc res或-pbc atom,使得残基或原子始终在盒子里,要么-center并且选protein使得蛋白质始终在盒子中央
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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