求助：分子模拟脂多糖和小分子体系，整合轨迹时周期性边界条件处理不好

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本帖最后由 云无心以出岫 于 2024-4-22 23:45 编辑 大家好，向大家求助一个关于分子模拟的问题，我的体系是一个脂多糖分子和8个小分子，利用amber跑的，在整合轨迹时，去除pdc时候，还是有的小分子跑到了盒子外面 ...