求助：分子模拟脂多糖和小分子体系，整合轨迹时周期性边界条件处理不好

云无心以出岫

大家好，向大家求助一个关于分子模拟的问题，我的体系是一个脂多糖分子和8个小分子，利用amber跑的，在整合轨迹时，去除pdc时候，还是有的小分子跑到了盒子外面，想在观察时使小分子和脂多糖在一起，整合轨迹用的VMD代码：pbc wrap -compound fragment -center com -centersel "all not water" -all

得到的结果是这样的（小分子应该是结合在复合物上的，但是从vmd中看，小分子跑出盒子了）

另外，pbc wrap -compound resid/residue/segid/seg/res也都试了一下，但都存在问题

不知道怎么进行修改pdc-wrap这个指令，求助大家