lammps计算MSD然后想接着算扩散系数的问题

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发布时间: 2024-5-6 19:11

各位老师好，学生想在金刚石超金胞里随机放两个铁原子（含192个C）,然后想算一下两个铁原子在金刚石内的扩散系数，其目的是想看下这两个铁原子是否趋向聚合，于是先用lammps跑了下两个铁原子的MSD,得到如下图像学 ...

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sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 20:18:56

飞奔的点点发表于 2024-5-8 08:53
sob老师好，金刚石内的这两个Fe最初是6埃，经过10ns后变化为4埃，那也就是说在10ns内两个Fe变化了2埃，那 ...

原理上可以利用加速采样技术算随Fe之间距离变化的PMF，从自由能变化上体现趋势

很多文章都研究固相扩散。你当前扩散如此之慢在于扩散势垒太高（既可能本来就高，也可能力场不合理而虚假地高），而温度又不够高

飞奔的点点 发表于 Post on 2024-5-8 08:53:26

本帖最后由飞奔的点点于 2024-5-8 09:01 编辑

sobereva 发表于 2024-5-8 06:50
当前MSD曲线根本没有明显的线性行为，不可能拟合
先看轨迹直观弄清楚当前模拟的结果是什么，大概率根本都 ...

sob老师好，金刚石内的这两个Fe最初是6埃，经过10ns后变化为4埃，那也就是说在10ns内两个Fe变化了2埃，那有办法知道这两个铁原子有没有相互靠近的趋势呢？还有个问题，老师，就是我看算扩散系数通常都在气相或者液相，像我这种固相体系算扩散系数有意义么？谢谢老师

sobereva 发表于 Post on 2024-5-8 06:50:08

当前MSD曲线根本没有明显的线性行为，不可能拟合
先看轨迹直观弄清楚当前模拟的结果是什么，大概率根本都没有明显的扩散运动

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