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[Lammps] lammps计算MSD然后想接着算扩散系数的问题

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各位老师好,学生想在金刚石超金胞里随机放两个铁原子(含192个C),然后想算一下两个铁原子在金刚石内的扩散系数,其目的是想看下这两个铁原子是否趋向聚合,于是先用lammps跑了下两个铁原子的MSD,得到如下图像
学生有疑问是在固体内掺杂别的原子MSD都这样嘛,要是利用MSD求扩散系数,那么我这个能拟合出扩散系数么?

US8RBIR_}L{BZ~)~(WS}X(H.jpg (125.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 14)

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发表于 Post on 2024-5-8 06:50:08 | 只看该作者 Only view this author
当前MSD曲线根本没有明显的线性行为,不可能拟合
先看轨迹直观弄清楚当前模拟的结果是什么,大概率根本都没有明显的扩散运动
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-5-8 08:53:26 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 飞奔的点点 于 2024-5-8 09:01 编辑
sobereva 发表于 2024-5-8 06:50
当前MSD曲线根本没有明显的线性行为,不可能拟合
先看轨迹直观弄清楚当前模拟的结果是什么,大概率根本都 ...

sob老师好,金刚石内的这两个Fe最初是6埃,经过10ns后变化为4埃,那也就是说在10ns内两个Fe变化了2埃,那有办法知道这两个铁原子有没有相互靠近的趋势呢?还有个问题,老师,就是我看算扩散系数通常都在气相或者液相,像我这种固相体系算扩散系数有意义么?谢谢老师

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发表于 Post on 2024-5-8 20:18:56 | 只看该作者 Only view this author
飞奔的点点 发表于 2024-5-8 08:53
sob老师好,金刚石内的这两个Fe最初是6埃,经过10ns后变化为4埃,那也就是说在10ns内两个Fe变化了2埃,那 ...

原理上可以利用加速采样技术算随Fe之间距离变化的PMF,从自由能变化上体现趋势

很多文章都研究固相扩散。你当前扩散如此之慢在于扩散势垒太高(既可能本来就高,也可能力场不合理而虚假地高),而温度又不够高
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