请教金属蛋白酶-底物复合物体系模拟体系的构建与结合自由能计算为正的问题

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发布时间: 2024-5-21 11:12

各位老师好，想就模拟金属酶-底物过程中发现的问题来请教一下大家。复合物为金属蛋白酶-底物的体系和PEG修饰的金属蛋白酶-底物体系。利用gromacs做蛋白-配体的分子动力学模拟，力场为AMBER14SB+GAFF。模拟了100ns， ...

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YuniJ 发表于 Post on 2024-5-22 10:07:51

sobereva 发表于 2024-5-22 05:48
当前没显示出氢，都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面，确保当前的设定能合理描述 ...

好的谢谢老师！

sobereva 发表于 Post on 2024-5-22 05:48:37

YuniJ 发表于 2024-5-21 15:47
非常感谢老师！
2、老师第二个中配体是叫EDO的，它与ZN和配位水分子中有虚线（如图所示）
3、请问老师 ...

当前没显示出氢，都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面，确保当前的设定能合理描述配体-蛋白的相互作用。描述合理的话，由于静电吸引作用，至少不至于MMPBSA算出来的MM作用项为正

sobereva 发表于 Post on 2024-5-21 15:31:26

1 一般建议做分子对接。自己摆任意性太强
2 看不清楚配体是哪个。影响结合的物质都不能随便去掉
3 如果实验上已知能结合，说明计算方式有问题，或者MMPBSA不适合当前情况，或者当前计算模型和实验缺乏可比性。当前MMPBSA基本上所有项都为正，第一种可能性最大。

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