请教金属蛋白酶-底物复合物体系模拟体系的构建与结合自由能计算为正的问题

YuniJ

各位老师好，想就模拟金属酶-底物过程中发现的问题来请教一下大家。复合物为金属蛋白酶-底物的体系和PEG修饰的金属蛋白酶-底物体系。利用gromacs做蛋白-配体的分子动力学模拟，力场为AMBER14SB+GAFF。模拟了100ns，结束后抽帧最终为2000去计算配体-蛋白的结合自由能，方法是gmx_mmpbsa。

      1、关于模拟的初始复合物结构是怎么得到的问题，对于金属酶-底物复合物没有晶体结构，构建体系时，我是直接将底物放到酶的“活性口袋”附近构成了复合物体系，这种模拟的思路正确吗？还是必须先对接呢?
     2、对于金属酶结构中某些配体需要删除吗（如图所示）？ZN离子与两个配体EDO有虚拟配位键（虚线），模拟时可以把这些配体去掉吗？
     3、结果显示结合自由能为正，意味着底物-酶处于不利结合相互排斥的情况，在酶-底物这个体系中出现这个情况合理吗？计算一定是错的吗？结果如图，麻烦各位大佬赐教

sobereva

1 一般建议做分子对接。自己摆任意性太强
2 看不清楚配体是哪个。影响结合的物质都不能随便去掉
3 如果实验上已知能结合，说明计算方式有问题，或者MMPBSA不适合当前情况，或者当前计算模型和实验缺乏可比性。当前MMPBSA基本上所有项都为正，第一种可能性最大。

YuniJ

sobereva 发表于 2024-5-21 15:31
1 一般建议做分子对接。自己摆任意性太强
2 看不清楚配体是哪个。影响结合的物质都不能随便去掉
3 如果实 ...

非常感谢老师！
2、老师第二个中配体是叫EDO的，它与ZN和配位水分子中有虚线（如图所示）
3、请问老师如果是第一种可能性，我应该选用什么计算方法呢？

sobereva

YuniJ 发表于 2024-5-21 15:47
非常感谢老师！
2、老师第二个中配体是叫EDO的，它与ZN和配位水分子中有虚线（如图所示）
3、请问老师 ...

当前没显示出氢，都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面，确保当前的设定能合理描述配体-蛋白的相互作用。描述合理的话，由于静电吸引作用，至少不至于MMPBSA算出来的MM作用项为正

YuniJ

sobereva 发表于 2024-5-22 05:48
当前没显示出氢，都没法判断氢键形成情况

检查计算设置、原子电荷等各方面，确保当前的设定能合理描述 ...

好的谢谢老师！