Seyilaxa 发表于 2024-5-24 23:38
你没有定义叫C和O的原子，+O和+C自然定位不到连接的原子，看看这篇帖子1L中链接的例子：
http://bbs.kei ...

谢谢你的回复，因为是1,4-糖苷键，我将+O改为-O4、+C改为+C1后就好了，至于是否重复的问题我不太清楚，反正得到的拓扑文件没有问题就行

Sunca 发表于 2024-5-24 21:39
先用的charmm-gui生成的pdb文件，拓扑文件是用pdb2gmx命令生成的，但是力场文件里面的残基力场.rtp是我自 ...

你没有定义叫C和O的原子，+O和+C自然定位不到连接的原子，看看这篇帖子1L中链接的例子：
http://bbs.keinsci.com/thread-12260-1-1.html
另外对于我不清楚对于上面例子中是否需要同时定义诸如C1 -C2和C2 +C1这样两个Bond，我个人的理解这是重复了的，而且Amber力场文件夹中的rtp文件也没有这样的重复定义

Seyilaxa 发表于 2024-5-24 20:27
拓扑文件是用什么方法构建的，这种情况一般是成键项参数有点问题

先用的charmm-gui生成的pdb文件，拓扑文件是用pdb2gmx命令生成的，但是力场文件里面的残基力场.rtp是我自己通过charmm-gui得到的itp文件在标准残基基础上修改的（如下）（因为标准残基里面只有完整的未修饰的糖环，而我需要乙酰基修饰的糖残基）

[ BM3A ]
; 3-o-acetyl-beta-D-mannose(middle group of chain linked by beta-1,4 bond)
  [ atoms ]
       C1   CC3162  0.2900   1
       H1     HCA1  0.0900   1
       C5   CC3163  0.1100   1
       H5     HCA1  0.0900   1
       O5   OC3C61 -0.4000   1
       C2   CC3161  0.1400   2
       H2     HCA1  0.0900   2
       O2    OC311 -0.6500   2
      HO2     HCP1  0.4200   2
       C3   CC3161  0.1700   3
      CY3    CC331 -0.3100   3
     HY31     HCA3  0.0900   3
     HY32     HCA3  0.0900   3
     HY33     HCA3  0.0900   3
      CX3    CC2O5  0.9000   3
      OX3    OC2D1 -0.6300   3
       H3     HCA1  0.0900   3
       O3    OC301 -0.4900   3
       C4   CC3161  0.0900   4
       H4     HCA1  0.0900   4
       O4    OC311 -0.3600   4
       C6    CC321  0.0500   5
      H61     HCA2  0.0900   5
      H62     HCA2  0.0900   5
       O6    OC311 -0.6500   5
      HO6     HCP1  0.4200   5
  [ bonds ]
       C1    +O
       C1    H1
       C1    O5
       C1    C2
       C2    H2
       C2    O2
       O2   HO2
       C2    C3
       C3    H3
       C3    O3
       O3   CX3
      CX3   OX3
      CX3   CY3
      CY3  HY31
      CY3  HY32
      CY3  HY33
       C3    C4
       C4    H4
       C4    O4
       O4    +C
       C4    C5
       C5    H5
       C5    C6
       C6   H61
       C6   H62
       C6    O6
       O6   HO6
       C5    O5

因为rtp文件是只能弄单独的残基，而残基之间的键我不知道怎么写，就模仿其他的氨基酸残基用+号表示，后面用pdb2gmx生成的结构残基之间有键连接且键接方式正确，我就以为没问题了

我仔细检查了我的top文件，发现残基之间根本没有键接，是VMD自动把残基连上了误导了我。
我应该怎么弄才能让pdb2gmx在生成拓扑时残基相连呢

拓扑文件是用什么方法构建的，这种情况一般是成键项参数有点问题