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计算溶菌酶蛋白质氢键数量的问题

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1154975925

发布时间: 2024-6-25 21:49

正文摘要:

想统计溶菌酶氢键数量随时间变化的曲线，在手册上找到了gmx hbond这个指令，我输入了gmx hond -num，结果显示报错，根据系统的提示我将指令更改为图所示，仍然报错，目前在手册上还没找到如何解决这个问题

回复 Reply

sobereva 发表于 Post on 2024-6-27 02:50:33

1154975925 发表于 2024-6-26 09:28
我的模拟体系里面没有配体只有一个溶菌酶，我输入您的指令后，弹出让我选择两组，我都是选的protein，没 ...

得到的是这个蛋白质内部的氢键数目变化情况

1154975925 发表于 Post on 2024-6-26 09:28:37

sobereva 发表于 2024-6-26 03:21
gmx hbond -h看-s后面都能跟什么文件，别随心所欲乱指定文件

手册不可能给你举那么具体的例子。北京科音 ...

我的模拟体系里面没有配体只有一个溶菌酶，我输入您的指令后，弹出让我选择两组，我都是选的protein，没有报错，那这样的话，得到的就是溶菌酶氢键随时间变化的曲线吧

sobereva 发表于 Post on 2024-6-26 03:21:57

gmx hbond -h看-s后面都能跟什么文件，别随心所欲乱指定文件

手册不可能给你举那么具体的例子。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里对所有常用命令的使用都有全面的讲解。完整学过一遍，就不会再有各种基础性问题了。

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