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[GROMACS] 计算溶菌酶蛋白质氢键数量的问题

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想统计溶菌酶氢键数量随时间变化的曲线,在手册上找到了gmx hbond这个指令,我输入了gmx hond -num,结果显示报错,根据系统的提示我将指令更改为图所示,仍然报错,目前在手册上还没找到如何解决这个问题

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发表于 Post on 2024-6-26 03:21:57 | 只看该作者 Only view this author
gmx hbond -h看-s后面都能跟什么文件,别随心所欲乱指定文件

手册不可能给你举那么具体的例子。北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里对所有常用命令的使用都有全面的讲解。完整学过一遍,就不会再有各种基础性问题了。


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-6-26 09:28:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2024-6-26 03:21
gmx hbond -h看-s后面都能跟什么文件,别随心所欲乱指定文件

手册不可能给你举那么具体的例子。北京科音 ...

我的模拟体系里面没有配体只有一个溶菌酶,我输入您的指令后,弹出让我选择两组,我都是选的protein,没有报错,那这样的话,得到的就是溶菌酶氢键随时间变化的曲线吧

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发表于 Post on 2024-6-27 02:50:33 | 只看该作者 Only view this author
1154975925 发表于 2024-6-26 09:28
我的模拟体系里面没有配体只有一个溶菌酶,我输入您的指令后,弹出让我选择两组,我都是选的protein,没 ...

得到的是这个蛋白质内部的氢键数目变化情况
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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