蛋白和磷脂膜互作体系中膜上下加水层厚度的问题

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发布时间: 2024-6-28 16:34

各位老师好，最近我在做蛋白和磷脂膜互作的MD，目的是揭示蛋白和膜互作机理。我们的目标蛋白不会穿透磷脂膜，只会粘附在膜表面。在体系构建时，我把膜上面放置一个蛋白，这时候需要给膜上下加上一层水。 ...

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youknowdcf 发表于 Post on 2024-9-14 10:54:08

VincenzoChen 发表于 2024-9-11 14:02
老师，问问如何设置体系是否上下联通，我现在膜外有个分子，我想看它自然状态下是否会跑过细胞膜，但是现 ...

可以设置虚拟墙，mdp里面wall字段，手册里有写。在z=0处设一道墙，就让分子不会移动到盒子另一端了。

VincenzoChen 发表于 Post on 2024-9-11 14:02:19

youknowdcf 发表于 2024-6-28 20:08
如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少 ...

老师，问问如何设置体系是否上下联通，我现在膜外有个分子，我想看它自然状态下是否会跑过细胞膜，但是现在体系是上下联通的状态，这个小分子不是通过膜跑到膜下的，而是直接往上跑然后到了膜下

c00jsw00 发表于 Post on 2024-8-6 12:38:16

建議膜上下都要加一樣厚度的水分子比較好...

MrMr浩 发表于 Post on 2024-8-6 10:10:19

dayu8278 发表于 2024-8-2 20:46
沿z轴方向看水的分布（磷脂膜中是否进水），以及P分子分布（看膜厚度），还得看膜的RMSD判断是否达到平衡

谢谢老师

dayu8278 发表于 Post on 2024-8-2 20:46:45

MrMr浩发表于 2024-7-31 10:42
你好，我想请教一下，做蛋白和膜的MD，分析的时候可以从哪些方面进行分析呢，我最近也要做一个类似的模拟

沿z轴方向看水的分布（磷脂膜中是否进水），以及P分子分布（看膜厚度），还得看膜的RMSD判断是否达到平衡

MrMr浩 发表于 Post on 2024-7-31 10:42:11

你好，我想请教一下，做蛋白和膜的MD，分析的时候可以从哪些方面进行分析呢，我最近也要做一个类似的模拟

dayu8278 发表于 Post on 2024-7-1 18:09:06

youknowdcf 发表于 2024-6-28 20:08
如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少 ...

谢谢您～

youknowdcf 发表于 Post on 2024-6-28 20:08:12

本帖最后由 youknowdcf 于 2024-6-28 20:09 编辑

如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少计算量。

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