蛋白和磷脂膜互作体系中膜上下加水层厚度的问题

dayu8278

各位老师好，最近我在做蛋白和磷脂膜互作的MD，目的是揭示蛋白和膜互作机理。我们的目标蛋白不会穿透磷脂膜，只会粘附在膜表面。

在体系构建时，我把膜上面放置一个蛋白，这时候需要给膜上下加上一层水。

由于蛋白具有一定尺寸，所以膜上面（蛋白附近），我加了20nm的水。如图所示，但是是否在下层也需要加相同厚度的水层呢？

如果按我的理解，我在膜上面加入足够厚的水层（例如20nm），膜下面放置2-3nm的水层来模拟水环境就可以。


磷脂膜的尺寸为21nm*21nm*5nm


请问各位老师，我的想法是否正确？清各位老师多多批评指正。

感谢～

youknowdcf

如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少计算量。

dayu8278

youknowdcf 发表于 2024-6-28 20:08
如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少 ...

谢谢您～

MrMr浩

你好，我想请教一下，做蛋白和膜的MD，分析的时候可以从哪些方面进行分析呢，我最近也要做一个类似的模拟

dayu8278

MrMr浩 发表于 2024-7-31 10:42
你好，我想请教一下，做蛋白和膜的MD，分析的时候可以从哪些方面进行分析呢，我最近也要做一个类似的模拟

沿z轴方向看水的分布（磷脂膜中是否进水），以及P分子分布（看膜厚度），还得看膜的RMSD判断是否达到平衡

MrMr浩

dayu8278 发表于 2024-8-2 20:46
沿z轴方向看水的分布（磷脂膜中是否进水），以及P分子分布（看膜厚度），还得看膜的RMSD判断是否达到平衡

谢谢老师

c00jsw00

建議膜上下都要加一樣厚度的水分子比較好...

VincenzoChen

youknowdcf 发表于 2024-6-28 20:08
如果你的体系上下联通的话，只要保证蛋白不会同时和磷脂上下两侧结合就可以了吧，下面水层可以设小一些减少 ...

老师，问问如何设置体系是否上下联通，我现在膜外有个分子，我想看它自然状态下是否会跑过细胞膜，但是现在体系是上下联通的状态，这个小分子不是通过膜跑到膜下的，而是直接往上跑然后到了膜下

youknowdcf

VincenzoChen 发表于 2024-9-11 14:02
老师，问问如何设置体系是否上下联通，我现在膜外有个分子，我想看它自然状态下是否会跑过细胞膜，但是现 ...

可以设置虚拟墙，mdp里面wall字段，手册里有写。在z=0处设一道墙，就让分子不会移动到盒子另一端了。