Seyilaxa 发表于 2024-7-31 17:34 确实是有地方重复了，去掉后问题就解决了，谢谢老师 |
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-31 17:37 编辑 12313 发表于 2024-7-31 16:22 那应该是还有另外什么地方重复了，你在include forcefield.itp前后还有出现[defaults]吗，建议把topol文件里涉及的所有文件都点开看看 |
Seyilaxa 发表于 2024-7-31 16:04 检查过了，老师，里面没有defaults字段。我明白您的给蛋白复合物直接创新拓扑文件的意见，只是我想两种方法都尝试一下。 |
12313 发表于 2024-7-31 15:08 你看看是不是LPPR.top文件里有[defaults]字段没有删掉，就用这个帖子里的格式来检查http://bbs.keinsci.com/thread-45783-1-1.html 另外如果受体和配体都是多肽和蛋白，没必要在不理解拓扑文件各字段的情况下给配体和受体蛋白分别创建拓扑文件再合并，gmx pdb2gmx可以给蛋白复合物直接创建拓扑文件 |
12313 发表于 2024-7-31 11:39 把配体的拓扑文件include上就行 |
Seyilaxa 发表于 2024-7-30 23:17 谢谢老师，我明白了。那请问我该如何进行修改呢？ |
本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-30 23:18 编辑 12313 发表于 2024-7-30 22:16 很明显这是限制文件，你在1L也说了“图中LPPR.itp是配体的限制文件” gmx pdb2gmx会同时产生两个文件，一个是配体的拓扑文件，一个是限制文件，两个东西不能混为一谈 |
student0618 发表于 2024-7-30 21:47 老师，我已上传 |
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12313 发表于 2024-7-30 21:27 不清楚那是什麼可打开那itp來看看。 |
本帖最后由 12313 于 2024-7-30 21:33 编辑 student0618 发表于 2024-7-30 20:04 谢谢老师，这个LPPR.itp是通过gmx pdb2gmx指令输入配体的pdb文件后产生的，所以它是位置限制文件吗？因为我总是把它和gmx genrestr产生的itp文件搞混 |
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那是位置限制文件还是配体拓朴？一楼指是限制文件，但5楼问的是拓朴吧。有没有include它的拓朴？ 如果配体的力场文件不应放在 #ifdef POSRES 部分哦，检查一下它是什么。 建议多了解一下Gromacs topology文件结构，每个报错指那部份；问问题时最好给完整topol.top (有机密的话可涂掉一部份吧)不然其他人很难帮忙的。 |
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本帖最后由 Seyilaxa 于 2024-7-30 16:09 编辑 图里没看到是否引用了配体的itp文件 |
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